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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002973

染色体: Chr02 坐标: 50267587-50270759 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002973
名称SmilChr02G002973
描述protein GET1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50267587 - 50270759 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011984
GeneID131011984
locus_tag-
NCBI NameLOC131011984
原始查询LOC131011984

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein GET1-like
产物protein GET1-like
ArabidopsisAT4G16444 (AT4G16444)
tail-anchored protein insertion receptor WRB-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827341]
identity=55.3; qcov=0.847; evalue=3.6e-54; confidence=high
RiceOs06g0198700
-
identity=49.1; qcov=0.955; evalue=3.91e-44; confidence=medium
GO-
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057795875.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057795875.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795875.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795875.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795875.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50268328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B31,C25,C62
Chr2:50268693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B66,C55
Chr2:50270363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:50270648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939892.1
AGGCACCGTTCATTCTCTGGGAATAGAACAATTGCTTCCCACAGAATTAGAACAAAAAAAGAACAGGAAAAAACACAGCCAGAAAAAACGAAGAAATGGAAGAAATTCAAACGGGGCAAGGGAAATCATTTGCAGCTCTAGTGATTTTCATCCTTGTATTTTCTTTCCACTTCGTGTCTAAGTACATCGAATCCCAAAAAAACAAGAGAGGATCCGGCGAAAATTTGGATGTTAGATTGCGACAAGAAATCAAGCAGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011984
ATGGAAGAAATTCAAACGGGGCAAGGGAAATCATTTGCAGCTCTAGTGATTTTCATCCTTGTATTTTCTTTCCACTTCGTGTCTAAGTACATCGAATCCCAAAAAAACAAGAGAGGATCCGGCGAAAATTTGGATGTTAGATTGCGACAAGAAATCAAGCAGCTTTTGAAGGAGGCCAGTTCTTTATCGCAGCCTTCAACATTTGCTCAAGCTGTAAAACTGAAAAGAACGGCTGCTGTGAAGGAGAAGGAACTTGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795875.1
MEEIQTGQGKSFAALVIFILVFSFHFVSKYIESQKNKRGSGENLDVRLRQEIKQLLKEASSLSQPSTFAQAVKLKRTAAVKEKELAKYLEMQEKDMKSVSSYGKHLMISKVFTYFVLILWFWKIPVATISDQLVHPFGRLLSWRAGTSLKDSVVIGVIPWLIVSERVSKFMCRKVFE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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