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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002974

染色体: Chr02 坐标: 50272572-50274288 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002974
名称SmilChr02G002974
描述uncharacterized SmilChr02G002974
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50272572 - 50274288 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011987
GeneID131011987
locus_tag-
NCBI NameLOC131011987
原始查询LOC131011987

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0481200; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os12g0481200; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G21930 (AT1G21930)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838795]
identity=77.8; qcov=0.88; evalue=1.28e-42; confidence=medium
RiceOs12g0481200
-
identity=87; qcov=0.837; evalue=2.91e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795878.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057795878.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057795878.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057795878.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795878.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50272884 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C37
Chr2:50272884 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 C37
Chr2:50272933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:50272999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939895.1
TGAGAATCCCCCTCCATTGACCATTCATACAGCGCAATCTTCTTTGAATTACCTAGAAATATTGATTTAAAAAAATAATTAAAAGAAGAAGAAGAAGCAGCTGTGACTTCAACATTTTGATTGAAGTTTTGGTGGGAGGCGTGAAGAACTGAGTGATTTATCATTGTATATGGCCGGAAAAGAGGAAGAGAAGAAATTAGAGGAATGCTCTGTTTCAAATGCTTTGGGGACATGGGTTTTCTCAGTGGCGGGTGCTCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011987
ATGGCCGGAAAAGAGGAAGAGAAGAAATTAGAGGAATGCTCTGTTTCAAATGCTTTGGGGACATGGGTTTTCTCAGTGGCGGGTGCTCTGATAGCGATCCCTGTTGGGATTAAAAGGAAGTCTCTGGCGCCCCTTGTGTTCTTTGGCACGACAGGCACAATGCTCGACATAATCATGGGGATCAATGCTTGTGAGAGGGAGCACGCAGAGCGCCAGATGAAGCTCTTGGAAGCGCAGAATGTTGCAGCAGTTGATGATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795878.1
MAGKEEEKKLEECSVSNALGTWVFSVAGALIAIPVGIKRKSLAPLVFFGTTGTMLDIIMGINACEREHAERQMKLLEAQNVAAVDDATAAES

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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