当前解析结果
SmilChr02G002991| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002991 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002991 |
| 描述 | sulfate transporter 1.3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 50574042 - 50577554 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012002 |
|---|---|
| GeneID | 131012002 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012002 |
| 原始查询 | LOC131012002 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sulfate transporter 1.3-like |
| 产物 | sulfate transporter 1.3-like |
| Arabidopsis | AT1G22150 (SULTR1;3)sulfate transporter 1;3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838820] identity=76.7; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0195800 (OsSultr1)- identity=71.7; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0008271 (secondary active sulfate transmembrane transporter activity); GO:0008272 (GO:0008272); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00916 (Sulfate_transp); PF01740 (STAS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012002 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057795895.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795895.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795895.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795895.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795895.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:50574338 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:50575895 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr2:50575920 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C38 |
Chr2:50575920 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr2:50576078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,B53,B90,C22,C62 |
Chr2:50576080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B73,B79,C53 |
Chr2:50576486 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr2:50576546 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C20,C38,D11,D4 |
Chr2:50576802 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,B80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795895.1PF00916
Sulfate_transp 93-474 aa
PF01740
STAS 526-644 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795895.1 |
Pfam | PF00916 |
Sulfate_transp | Family | 93 | 474 | 1.3e-138 | 462.6 | Sulfate permease family |
XP_057795895.1 |
Pfam | PF01740 |
STAS | Domain | 526 | 644 | 8.1e-30 | 103.4 | STAS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。