Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003000`

染色体: Chr02 坐标: 50677095-50677959 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003000`
名称	SmilChr02G003000
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50677095 - 50677959 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012010`
GeneID	`131012010`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012010`
原始查询	`LOC131012010`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A
Arabidopsis	`AT4G11360` (RHA1B) RING-H2 finger A1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826738] identity=42; qcov=0.506; evalue=7.21e-16; confidence=low
Rice	`Os01g0736600` - identity=43.1; qcov=0.45; evalue=4.71e-12; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012010

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057795902.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057795902.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057795902.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795902.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795902.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50677318`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr2:50677683`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C59
`Chr2:50677683`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795902.1

160 aa

160

zf-rbx1

zf-RING_11

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

zf-RING_2

PF12678 zf-rbx1 68-112 aa PF17123 zf-RING_11 69-97 aa PF13445 zf-RING_UBOX 69-109 aa PF00097 zf-C3HC4 69-111 aa PF13639 zf-RING_2 69-112 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795902.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	68	112	8.8e-08	33.0	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057795902.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	69	97	5.8e-08	33.0	RING-like zinc finger
`XP_057795902.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	69	109	1.8e-06	28.5	RING-type zinc-finger
`XP_057795902.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	69	111	6.9e-08	32.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057795902.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	69	112	8.4e-12	45.9	Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939919.1
GAAAAATAAAAAACATTCATCCCTCATGGGATTCAAACTCATGTATTGCATTCATCTACTATAGATATCTTAATGGACTGAAAATAGTTCACACATTTACATTTAAAAAACAAAGTTCTCATTCGAAGCCTCCTACATATATATATATCTTCACTACAATTCTTTAACAAAAAAAGTGATGAAAGCTTTAACAAAGCTGTTGTGTTTCTCAAACGAAATCGTGGGCGATGTGGTGGAGCTCCTCCCCAAACTGCTCCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012010
ATGAAAGCTTTAACAAAGCTGTTGTGTTTCTCAAACGAAATCGTGGGCGATGTGGTGGAGCTCCTCCCCAAACTGCTCCGATTAATGGTGCTAGCCATCTGCAGTCTGTGGAAGCATTGGAAGCACACAACCTCCACCTACAAATACGCCTCCATCATCAACACCAAAACCTCCAATTTCGCAATCTCCGATAGCGAATATTGCTGCACCATCTGCCTCTCGGAGTTTGCCAGGGGAGACGAAGCGGCGGAGCTCGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795902.1
MKALTKLLCFSNEIVGDVVELLPKLLRLMVLAICSLWKHWKHTTSTYKYASIINTKTSNFAISDSEYCCTICLSEFARGDEAAELVDCRHVFHRRCLERWLRCHRATCPLCRSVVVPEAVVEEYRRTRMDRETDDGIHKELAHILFKVLHDRTRRHPFFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器