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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002245`

染色体: Chr02 坐标: 39864346-39867056 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002245`
名称	SmilChr02G002245
描述	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	39864346 - 39867056 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012023`
GeneID	`131012023`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012023`
原始查询	`LOC131012023`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2-like
Arabidopsis	`AT3G47160` (AT3G47160) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823869] identity=61.2; qcov=0.972; evalue=1.64e-119; confidence=high
Rice	`Os07g0661600` (OsRFPHC-4) - identity=68.8; qcov=0.952; evalue=2.61e-131; confidence=high
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13920 (zf-C3HC4_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012023

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795911.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795911.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795911.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795911.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795911.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:39864545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C81
`Chr2:39864627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A9,B64,D1
`Chr2:39864630`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A9,B64,D1
`Chr2:39864650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B37,B6,C63
`Chr2:39864651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B32,B37,B6,C63
`Chr2:39864669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B30,B7,B81
`Chr2:39865265`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B20
`Chr2:39865265`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B20
`Chr2:39865295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,A2,B122,C16,C61
`Chr2:39865314`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr2:39865396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C7,C71
`Chr2:39865411`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C7,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795911.1

252 aa

126

252

zf-C3HC4_3

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF13920 zf-C3HC4_3 152-199 aa PF13639 zf-RING_2 155-194 aa PF00097 zf-C3HC4 156-193 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795911.1`	Pfam	`PF13920`	zf-C3HC4_3	Domain	152	199	3e-09	37.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057795911.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	155	194	1.7e-07	32.1	Ring finger domain
`XP_057795911.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	156	193	8.4e-06	26.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939928.1
CTCCACGTGTCCTCCCCTTCACTTTCTTAGTTTTGTCTGGAATTGCACCGATGAAACGAGAAGAGAATTCCAACACAAAATGCTATCAAATTTGTGCACGCTGAGTCCCTCAATCAAACTTTCTACAGCTACGATAGAGAACTAAATTTGAAAATTTTACCTTCTTTATTTCGCGACTTTGATTTATTTTTTTGATTTTTTATTTTGAGTGGAGATCATCGATACTGATATTGTATCACTGAGGCCGAGAAATTGTTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012023
ATGATGCATGTGAGCGGCGGAGCTTCAATGCGGCGACGCTCGTTTAGGGATTCGATCAAATTGCTCGAAGCCGATATCCAACATGCTAATATTCTAGCATCAGATTTTCCACGTGAGTATGATGGTGCATACTTGCAGATGAGAATGTCATATAGCCCTGCAGCACATTTGTTTCTTTTTCTAGTACAATGGACTGATTGTCGTCTAGCTGGCACACTTGGACTGTTGAGAATCTTAATTTATAAGGTGTATGTTGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795911.1
MMHVSGGASMRRRSFRDSIKLLEADIQHANILASDFPREYDGAYLQMRMSYSPAAHLFLFLVQWTDCRLAGTLGLLRILIYKVYVDGATTMSTHERKASIREFYAVIYPSLLQLQSGVADIKDKRQKVVCMERYMRRDEAKHEHFSEVNLQEEEECGICMEMRSKVLLPNCNHEMCLKCYREWHSRSQSCPFCRDSLKRVNSGDLWIFLNGMDVIDMAAITSENSKRLFSYVDKLPLIIPDTLFDAYNKHIR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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