Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001774`

染色体: Chr02 坐标: 32508661-32511301 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001774`
名称	SmilChr02G001774
描述	transcription elongation factor 1 homolog
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	32508661 - 32511301 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012024`
GeneID	`131012024`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012024`
原始查询	`LOC131012024`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription elongation factor 1 homolog
产物	transcription elongation factor 1 homolog
Arabidopsis	`AT5G46030` (AT5G46030) transcription elongation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834644] identity=87.8; qcov=0.921; evalue=3.02e-50; confidence=medium
Rice	`Os07g0631100` - identity=88.8; qcov=1; evalue=2.09e-57; confidence=high
GO	GO:0000993 (RNA polymerase II complex binding); GO:0006368 (transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0008023 (transcription elongation factor complex)
KEGG	-
Pfam	PF05129 (Zn_ribbon_Elf1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795912.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795912.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795912.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795912.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795912.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:32509572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B50,B83,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795912.1

89 aa

Zn_ribbon_Elf1

PF05129 Zn_ribbon_Elf1 2-78 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795912.1`	Pfam	`PF05129`	Zn_ribbon_Elf1	Domain	2	78	3.8e-32	110.9	Transcription elongation factor Elf1 like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939929.1
GTTACGGATTTTTAACCCAAAAGAAAATTAAGAAGATTTTTCACGGAGAGGGAGCTTCAAGATATGAAAACGACAAAAGCTATCAGCTTCGACACTACGCACATATATAGCGATCTATCATTCTGAAAAATCTGTCTCAAAAAACAATATCTTTCTGGAAAATCTAAACAGAGCAATCAAAAGTTCATACAATCAACTGAATTATGGGTAAGAGGAAGTCTAGTGCGAAGCCACCCCCAAGGAAGCGAATGGACAAACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012024
ATGGGTAAGAGGAAGTCTAGTGCGAAGCCACCCCCAAGGAAGCGAATGGACAAACTTGACACTGTCTTCAGCTGTCCCTTCTGTAACCATGGCACCAGTGTGGAATGCCGCATTGACATGAAAAACCTGATTGGCGAGGCTTCTTGCCGGATTTGTGAAGAGAGCTTCAGCACCACCATAACAGCTCTTACTGAGGCCATAGACATATATAGCGAATGGATTGATGAGTGTGAACGTGTCAACAACGTGGAAGACGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795912.1
MGKRKSSAKPPPRKRMDKLDTVFSCPFCNHGTSVECRIDMKNLIGEASCRICEESFSTTITALTEAIDIYSEWIDECERVNNVEDEDDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器