Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001784`

染色体: Chr02 坐标: 32612339-32619547 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001784`
名称	SmilChr02G001784
描述	sodium/calcium exchanger NCL2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	32612339 - 32619547 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012034`
GeneID	`131012034`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012034`
原始查询	`LOC131012034`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sodium/calcium exchanger NCL2-like
产物	sodium/calcium exchanger NCL2-like
Arabidopsis	`AT1G53210` (AT1G53210) sodium/calcium exchanger family protein / calcium-binding EF hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841755] identity=39.3; qcov=0.496; evalue=2.58e-81; confidence=medium
Rice	`Os01g0212400` (OsEFCAX1) sodium/calcium exchanger NCL1-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4325568] identity=41.2; qcov=0.457; evalue=3.68e-77; confidence=medium
GO	GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0006874 (intracellular calcium ion homeostasis); GO:0015369 (calcium:proton antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0070588 (calcium ion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF01699 (Na_Ca_ex); PF13499 (EF-hand_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012034

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057795924.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057795924.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057795924.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795924.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795924.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:32612561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:32612581`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B110,B140,B51,C48,D4
`Chr2:32612581`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B110,B140,B51,C48,D4
`Chr2:32612620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr2:32612671`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	24	A10,A11,A13,B100,B131,B26,B42,B43,B47,B58,B65,B66,B69,B81,B89,C15,C31,C32,C4,C5,C68,C71,C84,D11
`Chr2:32612782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B63,B73,B83,D4
`Chr2:32617246`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,B84
`Chr2:32617535`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A21,A25,B113,B28,B50,C18
`Chr2:32617957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C79
`Chr2:32618042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B40,C78,D5
`Chr2:32618095`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr2:32618095`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795924.1

707 aa

354

707

EF-hand_7

Na_Ca_ex

PF13499 EF-hand_7 304-369 aa PF13499 EF-hand_7 441-505 aa PF01699 Na_Ca_ex 551-695 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795924.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	304	369	2.3e-22	79.8	EF-hand domain pair
`XP_057795924.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	441	505	2.3e-22	79.8	EF-hand domain pair
`XP_057795924.1`	Pfam	`PF01699`	Na_Ca_ex	Family	551	695	7.6e-09	36.4	Sodium/calcium exchanger protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939941.1
AAGAATAGTATTATTAATGAACGTATCAAGTTGCAAACAGTCAACTTTGATGAATAAAAGCAAGATGTGTTAGTATAACAAGTCATCGCTGCTGAAAGTCGGCATGACACCTGGTCAGACGACGAAACTTCCATGGCTGCTAAATATATACATGTCTCTCTCTCTCTTGAAATTTCTGATTATATTTAAATCCACTCAAAATCCCTCATTTACTAATCATGACAACTAGTCTTCCATATATCATTCTTCTCCCACTATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012034
ATGACAACTAGTCTTCCATATATCATTCTTCTCCCACTATTAATCATATCGGCGGCCGGGGTCGGGGCAAGACCCCGGCCGCTGACGAGCACGTTGGTATCCGATGGATACCAGCTGTCGTCTTCGTCTTCGTCTTCTCCTCCGGTGATACGAATGAAAACGAGCGAAGAGGAAGAGACGATTTGCAGGCAATTGTATGGTTTCCTGCCTTGCTCGGAGAGCATGGGCGGGCATTTGTTCCTGATTTTGGTGTATGAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795924.1
MTTSLPYIILLPLLIISAAGVGARPRPLTSTLVSDGYQLSSSSSSSPPVIRMKTSEEEETICRQLYGFLPCSESMGGHLFLILVYEYLLFHGESYVGWGGERIFKILGPGAFGASAFQLIGSLPEALILLGSGLWSNDETAQECMVTGIGLLAGSTILLLTLLWGTCVLLAAHTFRPDSLSHSHSRLQTFFFSLWPGYGVLTDSDTTYTARIMLLSVVPLAFVQVPGIFGFSSSAKRHFLLALLLVSIIFLLSYFFYQFF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器