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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005028

染色体: Chr01 坐标: 68235079-68235834 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005028
名称SmilChr01G005028
描述UPF0496 protein At4g34320-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68235079 - 68235834 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012053
GeneID131012053
locus_tag-
NCBI NameLOC131012053
原始查询LOC131012053

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPF0496 protein At4g34320-like
产物UPF0496 protein At4g34320-like
ArabidopsisAT4G34320 (AT4G34320)
transmembrane protein, putative (DUF677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829582]
identity=27.2; qcov=1.19; evalue=2.08e-17; confidence=low
RiceOs03g0199100
-
identity=32.7; qcov=0.853; evalue=2.88e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05055 (DUF677)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795941.1
2 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057795941.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795941.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795941.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795941.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68235122 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr1:68235122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:68235135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B63
Chr1:68235189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:68235229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C65
Chr1:68235232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C4
Chr1:68235275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:68235313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C10,C65
Chr1:68235328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B87,C22,C82
Chr1:68235469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B77,C54
Chr1:68235571 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 A22,B37
Chr1:68235571 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 A22,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795941.1
251 aa
N
1
126
251
DUF677
C
PF05055 DUF677 75-209 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795941.1 Pfam PF05055 DUF677 Family 75 209 1.2e-24 87.6 Protein of unknown function (DUF677)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939958.1
ATGTCAACGGGCAGGAGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTACGCCATTGACGTGAACACGTATGAGCAGCAGCTCCGAACCAATCAGCAGTTTGTTACGGCGTTTCTTGATCTGCAAAAAAACCTTAGCAATAATGAAAAATTATTGGAGTTTCTGGACAACTACTACGCTGACACACTCCAACAACGTCTCAACCCTACATCCACTTTGGAAGCTGTAACTCATCGCGATTTCTTCCATCATCTATCGTGCCTTTATAAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012053
ATGTCAACGGGCAGGAGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTACGCCATTGACGTGAACACGTATGAGCAGCAGCTCCGAACCAATCAGCAGTTTGTTACGGCGTTTCTTGATCTGCAAAAAAACCTTAGCAATAATGAAAAATTATTGGAGTTTCTGGACAACTACTACGCTGACACACTCCAACAACGTCTCAACCCTACATCCACTTTGGAAGCTGTAACTCATCGCGATTTCTTCCATCATCTATCGTGCCTTTATAAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795941.1
MSTGRSAAAAAAYAIDVNTYEQQLRTNQQFVTAFLDLQKNLSNNEKLLEFLDNYYADTLQQRLNPTSTLEAVTHRDFFHHLSCLYKRQLMMRVTLRSFHSCSNDKLHRIDTWKKVSAVFFTAAAAIAAMVAAANANTKKPAAAAAAAASILLVALGKWIGSVLRKRERAVKKHMEIIRVMNIGAKISMKDLSKIHVVAQSLQLETESLSGTDGDREKVMKSLEELRGKANDYCGNMKWARQVVLQSINASS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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