Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001809`

染色体: Chr02 坐标: 32912619-32914846 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001809`
名称	SmilChr02G001809
描述	uncharacterized SmilChr02G001809
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	32912619 - 32914846 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012060`
GeneID	`131012060`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012060`
原始查询	`LOC131012060`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0698300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os01g0698300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os01g0698300` - identity=50.8; qcov=0.233; evalue=5.6e-11; confidence=weak
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF02892 (zf-BED)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795946.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795946.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795946.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795946.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057795946.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:32912929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C37
`Chr2:32912988`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr2:32912992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B8
`Chr2:32913002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr2:32913064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,C49
`Chr2:32913100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr2:32913162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr2:32913244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr2:32913273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:32914539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:32914547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A23,B131
`Chr2:32914547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795946.1

369 aa

184

369

zf-BED

PF02892 zf-BED 124-167 aa

XP_057795947.1

297 aa

148

297

zf-BED

PF02892 zf-BED 52-95 aa

XP_057795948.1

285 aa

142

285

zf-BED

PF02892 zf-BED 40-83 aa

XP_057795949.1

279 aa

140

279

zf-BED

PF02892 zf-BED 34-77 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795946.1`	Pfam	`PF02892`	zf-BED	Domain	124	167	2.8e-06	28.0	BED zinc finger
`XP_057795947.1`	Pfam	`PF02892`	zf-BED	Domain	52	95	1.9e-06	28.5	BED zinc finger
`XP_057795948.1`	Pfam	`PF02892`	zf-BED	Domain	40	83	1.8e-06	28.6	BED zinc finger
`XP_057795949.1`	Pfam	`PF02892`	zf-BED	Domain	34	77	1.7e-06	28.6	BED zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939963.1
AAATCTGCAACTGCAGTTGCATGTTCCTCTCTCATCCGAAGTTGAATATTCTTAATTCTTATGCTGCGAATTCAAACATCAAATCGCAACAATCCGTAATTTGAAATTTAAGGACTAAAATAATGGTGGGTGAAATGGAGGGCCGTAAGTTGGGCCGGTCCGGGCCGATTGTAACGCAATTTCAAGCCCGAACTCATATCCAGGCCCATTACACATTCTCTCTGCCATATCGGCCCGAATCAAATTCAACTAGGGTTTTT...

XM_057939966.1
CTGCAACTGCAGTTGCATGTTCCTCTCTCATCCGAAGTTGAATATTCTTAATTCTTATGCTGCGAATTCAAACATCAAATCGCAACAATCCGTAATTTGAAATTTAAGGACTAAAATAATGGTGGGTGAAATGGAGGGCCGTAAGTTGGGCCGGTCCGGGCCGATTGTAACGCAATTTCAAGCCCGAACTCATATCCAGGCCCATTACACATTCTCTCTGCCATATCGGCCCGAATCAAATTCAACTAGGGTTTTTGCAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131012060
ATGGTGGGTGAAATGGAGGGCCGTAAGTTGGGCCGGTCCGGGCCGATTGTAACGCAATTTCAAGCCCGAACTCATATCCAGGCCCATTACACATTCTCTCTGCCATATCGGCCCGAATCAAATTCAACTAGGGTTTTTGCATCTGAAATTCGTAGTGTATTTTCCCAATTCGATTTCCGATTTTCGCTTTGTTGTGCTCCGCATGATGTTCTTCTTATTCAGGAAGTTGGATCTGGAAACCATGACCAAGAAATGATGAA...

LOC131012060
ATGATGATCGAAGATACTAACAACGAAACTGATCTGGAGATAAACTATAACTCCGAAGCAAGCGTTGGGGACAAGCGAAAACGAGATGGGAAGTTGAGGTCCGAAGTTTGGCAGCATTTCACAAAGGTTATTCAGGAGGATGGAACGTGCGAGAAATGCCAGTGTAATCACTGCCGGAAGCTATTCACTTGCTCGAGCAGAAGTGGGACGACTCATCTGAAACGCCACATAGATGCCAGGATCTGCCCCGTCTACAAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057795946.1
MVGEMEGRKLGRSGPIVTQFQARTHIQAHYTFSLPYRPESNSTRVFASEIRSVFSQFDFRFSLCCAPHDVLLIQEVGSGNHDQEMMKIGMTEIEDTNNETDLEINYNSEASVGDKRKRDGKLRSEVWQHFTKVIQEDGTCEKCQCNHCRKLFTCSSRSGTTHLKRHIDARICPVYKKDRDNKIVTISSYPRGSSVEHRNGLAPWKYEQASSQQCMDVEIELLPPERLGNLEPPSFKTAEDDYGTQTPLPLRSKLPQQPAL...

XP_057795947.1
MMEVGSGNHDQEMMKIGMTEIEDTNNETDLEINYNSEASVGDKRKRDGKLRSEVWQHFTKVIQEDGTCEKCQCNHCRKLFTCSSRSGTTHLKRHIDARICPVYKKDRDNKIVTISSYPRGSSVEHRNGLAPWKYEQASSQQCMDVEIELLPPERLGNLEPPSFKTAEDDYGTQTPLPLRSKLPQQPALKSQPRGDAWMNEFRTCVAKLVELNNGKVPVLSPQPLAVGATDHSISAALKCLNEMEDIPQSSEMYLDAFEIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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