当前解析结果
SmilChr02G001812| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001812 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001812 |
| 描述 | protein DJ-1 homolog B-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 32933555 - 32937190 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012063 |
|---|---|
| GeneID | 131012063 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012063 |
| 原始查询 | LOC131012063 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DJ-1 homolog B-like |
| 产物 | protein DJ-1 homolog B-like |
| Arabidopsis | AT1G53280 (DJ1B)Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841762] identity=65.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0531200 (OsDJ-1E)- identity=70.4; qcov=0.894; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0036524 (protein deglycase activity); GO:0036529 (protein deglycation, glyoxal removal); GO:0106046 (guanine deglycation, glyoxal removal) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01965 (DJ-1_PfpI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012063 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.80000 | XP_057795953.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057795953.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795953.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795953.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795953.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:32934183 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr2:32934422 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr2:32934445 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,B93,C2 |
Chr2:32934925 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr2:32935818 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr2:32936168 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr2:32936836 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr2:32937045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:32937050 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795953.1PF01965
DJ-1_PfpI 48-212 aa
PF01965
DJ-1_PfpI 254-416 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795953.1 |
Pfam | PF01965 |
DJ-1_PfpI | Domain | 48 | 212 | 1.6e-91 | 305.2 | DJ-1/PfpI family |
XP_057795953.1 |
Pfam | PF01965 |
DJ-1_PfpI | Domain | 254 | 416 | 1.6e-91 | 305.2 | DJ-1/PfpI family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。