当前解析结果
SmilChr02G001814| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001814 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001814 |
| 描述 | probable beta-1,3-galactosyltransferase 14 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 32983094 - 32987735 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012065 |
|---|---|
| GeneID | 131012065 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012065 |
| 原始查询 | LOC131012065 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable beta-1,3-galactosyltransferase 14 |
| 产物 | probable beta-1%2C3-galactosyltransferase 14 |
| Arabidopsis | AT1G53290 (AT1G53290)Galactosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841763] identity=71.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0156900 (KMK0024M20.12)- identity=63.9; qcov=1.09; evalue=7.45e-170; confidence=high |
| GO | GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016758 (hexosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01762 (Galactosyl_T) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012065 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057795960.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057795960.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795960.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795960.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795960.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:32983548 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B131 |
Chr2:32983583 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B8,C38,C49,D10 |
Chr2:32984348 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C41 |
Chr2:32984729 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr2:32984771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B23,B4,C27,C44 |
Chr2:32986881 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B7 |
Chr2:32987415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr2:32987487 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B87,C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795960.1PF01762
Galactosyl_T 96-288 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795960.1 |
Pfam | PF01762 |
Galactosyl_T | Family | 96 | 288 | 1e-46 | 159.9 | Galactosyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。