当前解析结果
SmilChr02G001815| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001815 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001815 |
| 描述 | TPR repeat-containing thioredoxin TTL1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 33005218 - 33010452 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012066 |
|---|---|
| GeneID | 131012066 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012066 |
| 原始查询 | LOC131012066 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | TPR repeat-containing thioredoxin TTL1 |
| 产物 | TPR repeat-containing thioredoxin TTL1 |
| Arabidopsis | AT1G53300 (TTL1)tetratricopetide-repeat thioredoxin-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841764] identity=56.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0218200- identity=53.1; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00085 (Thioredoxin); PF00515 (TPR_1); PF07719 (TPR_2); PF13414 (TPR_11); PF13431 (TPR_17); PF13432 (TPR_16) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012066 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057795961.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057795961.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057795961.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795961.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795961.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:33005720 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,C1 |
Chr2:33005933 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr2:33006223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B137,B66,B7,B76 |
Chr2:33006236 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,C84 |
Chr2:33006416 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C24,C50 |
Chr2:33007414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr2:33007418 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:33007761 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:33008458 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr2:33008547 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C24,C50 |
Chr2:33008629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C38,C47,D10 |
Chr2:33008787 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B137,B66,B7,B76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795961.1PF07719
TPR_2 216-249 aa
PF13414
TPR_11 223-261 aa
PF13432
TPR_16 223-283 aa
PF07719
TPR_2 250-282 aa
PF13431
TPR_17 273-304 aa
PF13432
TPR_16 459-520 aa
PF00515
TPR_1 490-521 aa
PF00085
Thioredoxin 593-682 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795961.1 |
Pfam | PF07719 |
TPR_2 | Repeat | 216 | 249 | 1.9e-36 | 121.8 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795961.1 |
Pfam | PF13414 |
TPR_11 | Repeat | 223 | 261 | 2.3e-25 | 88.7 | TPR repeat |
XP_057795961.1 |
Pfam | PF13432 |
TPR_16 | Repeat | 223 | 283 | 8e-17 | 62.1 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795961.1 |
Pfam | PF07719 |
TPR_2 | Repeat | 250 | 282 | 1.9e-36 | 121.8 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795961.1 |
Pfam | PF13431 |
TPR_17 | Repeat | 273 | 304 | 8.2e-19 | 67.0 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795961.1 |
Pfam | PF13432 |
TPR_16 | Repeat | 459 | 520 | 8e-17 | 62.1 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795961.1 |
Pfam | PF00515 |
TPR_1 | Repeat | 490 | 521 | 2.2e-32 | 110.2 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057795961.1 |
Pfam | PF00085 |
Thioredoxin | Domain | 593 | 682 | 8.6e-11 | 42.5 | Thioredoxin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。