Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005030`

染色体: Chr01 坐标: 68252373-68253149 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005030`
名称	SmilChr01G005030
描述	UPF0496 protein At4g34320-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68252373 - 68253149 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012069`
GeneID	`131012069`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012069`
原始查询	`LOC131012069`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UPF0496 protein At4g34320-like
产物	UPF0496 protein At4g34320-like
Arabidopsis	`AT4G34320` (AT4G34320) transmembrane protein, putative (DUF677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829582] identity=27; qcov=1.14; evalue=2.69e-23; confidence=low
Rice	`Os03g0199100` - identity=26.7; qcov=1.25; evalue=3e-20; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05055 (DUF677)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057795965.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057795965.1`
3	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057795965.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795965.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795965.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68252383`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	46	A14,A18,A19,A20,A3,A5,B103,B105,B122,B13,B134,B17,B26,B43,B44,B5,B58,B59,B64,B65,B83,B84,B85,B90,B92,B96,B99,C13,C15,C16,C17,C28,C31,C32,C36,C43,C46,C53,C57,C71,C77,C84,C86,C87,D3,D5
`Chr1:68252461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B65,B86,B9,C27,D3
`Chr1:68252501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B13,C58
`Chr1:68252578`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr1:68252678`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B35,B49
`Chr1:68252733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,C64,C66
`Chr1:68252748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr1:68252784`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	19	A14,A23,A24,A9,B126,B132,B23,B25,B40,B69,B7,B71,B8,C41,C46,C58,C62,C75,C8
`Chr1:68252904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr1:68252925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr1:68252929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B5,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795965.1

258 aa

129

258

DUF677

PF05055 DUF677 79-220 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795965.1`	Pfam	`PF05055`	DUF677	Family	79	220	2e-24	86.9	Protein of unknown function (DUF677)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939982.1
ATGAACAGCAGGAGCTCTGCTAAAACTATGGCTTACGCCATTGACGTGAACTCGTATGAGCAGCAGCTCCAAACCAATCAACAATTTGTTGCGGCGTTTCTCGATCTGCAAAAAAACCTTACCAATAATGAAAAATTATTGGAGTTTATCGACAACTACTACGCCGACCCCGAGTTGTGTGCGACACTCCAACAACGCCTCAACCCTTCAACCAACTCTCCATCGACTTTGAATGTAAGTGATGACCATTTTTTCCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012069
ATGAACAGCAGGAGCTCTGCTAAAACTATGGCTTACGCCATTGACGTGAACTCGTATGAGCAGCAGCTCCAAACCAATCAACAATTTGTTGCGGCGTTTCTCGATCTGCAAAAAAACCTTACCAATAATGAAAAATTATTGGAGTTTATCGACAACTACTACGCCGACCCCGAGTTGTGTGCGACACTCCAACAACGCCTCAACCCTTCAACCAACTCTCCATCGACTTTGAATGTAAGTGATGACCATTTTTTCCACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795965.1
MNSRSSAKTMAYAIDVNSYEQQLQTNQQFVAAFLDLQKNLTNNEKLLEFIDNYYADPELCATLQQRLNPSTNSPSTLNVSDDHFFHDLSCLYRQQLIMRVTLRSFDDSSNEKLHRINTWKKVSAVFFTAAAAIAATVAAVNANTNKPAAAAAAAASILLVALGKWIDSLMRLRESGVMKQKQIIGVMTIGARITMKDLSNIYVLSRRLQFEIDSMSETVAMINKSYQNLRGKADEYRRNLNWTRQVVLQSISAPNYGN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器