Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001828`

染色体: Chr02 坐标: 33299825-33301518 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001828`
名称	SmilChr02G001828
描述	multiprotein-bridging factor 1b-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	33299825 - 33301518 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012080`
GeneID	`131012080`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012080`
原始查询	`LOC131012080`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	multiprotein-bridging factor 1b-like
产物	multiprotein-bridging factor 1b-like
Arabidopsis	`AT3G58680` (MBF1B) multiprotein bridging factor 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825037] identity=73.2; qcov=1.02; evalue=3.78e-74; confidence=high
Rice	`Os08g0366100` (Edf) - identity=76.1; qcov=1.02; evalue=1e-67; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF01381 (HTH_3); PF08523 (MBF1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012080

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795972.1`
2	Nucleolus	核仁	0.80000	`XP_057795972.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057795972.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795972.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795972.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:33300096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C30
`Chr2:33300923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,C27,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795972.1

139 aa

139

MBF1

HTH_3

PF08523 MBF1 6-76 aa PF01381 HTH_3 84-136 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795972.1`	Pfam	`PF08523`	MBF1	Family	6	76	2.3e-23	83.1	Multiprotein bridging factor 1
`XP_057795972.1`	Pfam	`PF01381`	HTH_3	Domain	84	136	4.9e-13	49.6	Helix-turn-helix

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939989.1
AAAGAAGGGGCCGTTGAACCCACGGGAAGGTTCTGGATAGGGGCGTGCATTGCAAGTAAAATTATATAAATAATTAATTTTTTCGTTTTATTTTGAGAACGTATCTATAAATAATATAGATACAATCGGCTAGGCAATCGATCCTTCTAGACAATCGTTTACGTTCATCGTCTATTCTCTCTCCCTCTCTTAACACACCCGCTGCAGAAAACTCTATCCAAAAATGGCAGGAATCGTTCAGGACTGGGAGCCGGTGGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012080
ATGGCAGGAATCGTTCAGGACTGGGAGCCGGTGGTGCTTCGAAAGAAGGCTCCCACCTCCGCCGCGCGCAAGGATGAGAAAGCTGTCAACGCTGCCCGCCGCGCCGGAGCCGAAATCGAAACTGTCAGGAAATCTACTGCGGGGACAAACAAGGCCGCCAAAAGCACTGTAACATTGAACACGAGGAAGCTGGATGAGGAGACTGAGAATCTAGCTCATGAGAAGGTTCCAAGCGAGTTGAAAAGGGCAATAATGCAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795972.1
MAGIVQDWEPVVLRKKAPTSAARKDEKAVNAARRAGAEIETVRKSTAGTNKAAKSTVTLNTRKLDEETENLAHEKVPSELKRAIMQGRMQKKLTQAQLGQMINEKPQVIQEYESGKAIPNQQIIAKLERALGVKLRGKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器