当前解析结果
SmilChr02G001830| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001830 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001830 |
| 描述 | tubby-like F-box protein 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 33311729 - 33316027 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012081 |
|---|---|
| GeneID | 131012081 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012081 |
| 原始查询 | LOC131012081 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | tubby-like F-box protein 7 |
| 产物 | tubby-like F-box protein 7 |
| Arabidopsis | AT1G53320 (TLP7)tubby like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841766] identity=74; qcov=0.856; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0514300 (OsTLP10)- identity=68.6; qcov=0.809; evalue=4.7e-165; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01167 (Tub) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012081 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057795973.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057795973.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057795973.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795973.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795973.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:33312131 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B115,C45 |
Chr2:33312161 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr2:33312189 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B120 |
Chr2:33312379 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr2:33312419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C2 |
Chr2:33315654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:33315683 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,C8 |
Chr2:33315744 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,B10,B140,B8,B98 |
Chr2:33315876 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795973.1PF01167
Tub 142-404 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795973.1 |
Pfam | PF01167 |
Tub | Domain | 142 | 404 | 1.2e-95 | 320.8 | Tub family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。