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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001915

染色体: Chr02 坐标: 34473512-34480928 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001915
名称SmilChr02G001915
描述uncharacterized SmilChr02G001915
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向34473512 - 34480928 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012146
GeneID131012146
locus_tag-
NCBI NameLOC131012146
原始查询LOC131012146

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述IAP-like protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838292]; symbol=ILP1; hit=AT1G17210; species=arabidopsis; confidence=high
产物IAP-like protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838292]; symbol=ILP1; hit=AT1G17210; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G17210 (ILP1)
IAP-like protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838292]
identity=59.2; qcov=0.919; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0785300
-
identity=56; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF07967 (zf-C3HC); PF08600 (NuBaID_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796046.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796046.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796046.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796046.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796046.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:34473806 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 15 A21,B113,B18,B28,B36,B50,B67,B84,B88,C16,C18,C64,C70,D2,D7
Chr2:34473826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B109,B139,C42
Chr2:34473832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C75
Chr2:34474747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:34474752 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B11,B133,B57,B88,C51,C77
Chr2:34474970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C61
Chr2:34475549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr2:34477537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B89,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796046.1
975 aa
N
1
488
975
zf-C3HC
NuBaID_C
C
PF07967 zf-C3HC 90-214 aa PF08600 NuBaID_C 867-917 aa
XP_057796047.1
964 aa
N
1
482
964
zf-C3HC
NuBaID_C
C
PF07967 zf-C3HC 90-214 aa PF08600 NuBaID_C 867-917 aa
XP_057796048.1
964 aa
N
1
482
964
zf-C3HC
NuBaID_C
C
PF07967 zf-C3HC 90-214 aa PF08600 NuBaID_C 867-917 aa
XP_057796049.1
952 aa
N
1
476
952
zf-C3HC
NuBaID_C
C
PF07967 zf-C3HC 90-214 aa PF08600 NuBaID_C 867-917 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796046.1 Pfam PF07967 zf-C3HC Domain 90 214 2e-34 119.2 NuBaID N-terminal domain (aka zf-C3HC)
XP_057796046.1 Pfam PF08600 NuBaID_C Domain 867 917 1.9e-07 31.9 NuBaID, C-terminal domain
XP_057796047.1 Pfam PF07967 zf-C3HC Domain 90 214 2e-34 119.2 NuBaID N-terminal domain (aka zf-C3HC)
XP_057796047.1 Pfam PF08600 NuBaID_C Domain 867 917 1.8e-07 31.9 NuBaID, C-terminal domain
XP_057796048.1 Pfam PF07967 zf-C3HC Domain 90 214 2e-34 119.2 NuBaID N-terminal domain (aka zf-C3HC)
XP_057796048.1 Pfam PF08600 NuBaID_C Domain 867 917 1.8e-07 31.9 NuBaID, C-terminal domain
XP_057796049.1 Pfam PF07967 zf-C3HC Domain 90 214 1.9e-34 119.2 NuBaID N-terminal domain (aka zf-C3HC)
XP_057796049.1 Pfam PF08600 NuBaID_C Domain 867 917 1.8e-07 32.0 NuBaID, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940066.1
TGTTTTCAATTTCAATTAGCAAAAGGAATCTCGCTCACAGCGAGAGAGAGTTGGAGAGAGTGTGAGTGAGAGGGAAAGACTACGGACAAACATATTATATATATTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGCGAGGGATGAAGGACGAAGCCGTGAGCTCCTCACGCGACCCGTTATTACCCCCGAGATCTACGTCTCCTCCTCCTAGCCTCACTCACGCTGCCAGTTCTGCT...
XM_057940064.1
TGTTTTCAATTTCAATTAGCAAAAGGAATCTCGCTCACAGCGAGAGAGAGTTGGAGAGAGTGTGAGTGAGAGGGAAAGACTACGGACAAACATATTATATATATTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGCGAGGGATGAAGGACGAAGCCGTGAGCTCCTCACGCGACCCGTTATTACCCCCGAGATCTACGTCTCCTCCTCCTAGCCTCACTCACGCTGCCAGTTCTGCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131012146
ATGAAGGACGAAGCCGTGAGCTCCTCACGCGACCCGTTATTACCCCCGAGATCTACGTCTCCTCCTCCTAGCCTCACTCACGCTGCCAGTTCTGCTGGGGCATCATCTCCTGCTGTTCCCACAAATGCTGGCAGCTCAGATGGGCTTGGTCAAGTCCAGAATTCGAAAGGAGGGTCTCTTTCCCGGATTGGTTCACAGCCCATGCACACATCATTGAGCACCAGTGCTGGTGGTTCAGCCCTTGGATCATCACAGCCTTC...
LOC131012146
ATGAAGGACGAAGCCGTGAGCTCCTCACGCGACCCGTTATTACCCCCGAGATCTACGTCTCCTCCTCCTAGCCTCACTCACGCTGCCAGTTCTGCTGGGGCATCATCTCCTGCTGTTCCCACAAATGCTGGCAGCTCAGATGGGCTTGGTCAAGTCCAGAATTCGAAAGGAGGGTCTCTTTCCCGGATTGGTTCACAGCCCATGCACACATCATTGAGCACCAGTGCTGGTGGTTCAGCCCTTGGATCATCACAGCCTTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057796046.1
MKDEAVSSSRDPLLPPRSTSPPPSLTHAASSAGASSPAVPTNAGSSDGLGQVQNSKGGSLSRIGSQPMHTSLSTSAGGSALGSSQPSCRPWERGDLLRRLSTFKPANWFRKPKAASSLACARKGWVNVDVDTVECESCGAILKFVSSATWTPSEADGAGEEFSKKLDEGHRLTCPWTGNCCAESLVQFPPTPPSALIGGYKDRCDGLLQFPSLPVVAASAIEQIRISRGSEIDRLLAQSQLARNESGIKLEIFLGTENSR...
XP_057796047.1
MKDEAVSSSRDPLLPPRSTSPPPSLTHAASSAGASSPAVPTNAGSSDGLGQVQNSKGGSLSRIGSQPMHTSLSTSAGGSALGSSQPSCRPWERGDLLRRLSTFKPANWFRKPKAASSLACARKGWVNVDVDTVECESCGAILKFVSSATWTPSEADGAGEEFSKKLDEGHRLTCPWTGNCCAESLVQFPPTPPSALIGGYKDRCDGLLQFPSLPVVAASAIEQIRISRGSEIDRLLAQSQLARNESGIKLEIFLGTENSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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