当前解析结果
SmilChr02G001918| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001918 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001918 |
| 描述 | endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 34532972 - 35139185 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012154 |
|---|---|
| GeneID | 131012154 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012154 |
| 原始查询 | LOC131012154 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like |
| 产物 | endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like |
| Arabidopsis | AT1G72280 (ERO1)endoplasmic reticulum oxidoreductins 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843560] identity=76.5; qcov=0.874; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0733800 (ERO1)- identity=79.1; qcov=0.832; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0015035 (protein-disulfide reductase activity); GO:0016972 (thiol oxidase activity); GO:0034975 (protein folding in endoplasmic reticulum); GO:0071949 (FAD binding) |
| KEGG | smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04137 (ERO1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012154 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057796056.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057796056.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796056.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796056.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796056.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:34533457 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr2:34533482 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B13,B140,B62 |
Chr2:34533842 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B71,B89,C62,D11 |
Chr2:34534171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C13,C30,C74,C8 |
Chr2:34534183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B19,C37 |
Chr2:34534317 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr2:34534318 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,C71 |
Chr2:34534535 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr2:34535552 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B32,C30,C74,C8 |
Chr2:34536335 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,B93,C2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796056.1PF04137
ERO1 86-434 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796056.1 |
Pfam | PF04137 |
ERO1 | Family | 86 | 434 | 1.5e-120 | 403.3 | Endoplasmic Reticulum Oxidoreductin 1 (ERO1) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。