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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001944

染色体: Chr02 坐标: 35064595-35070207 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001944
名称SmilChr02G001944
描述uncharacterized SmilChr02G001944
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向35064595 - 35070207 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012160
GeneID131012160
locus_tag-
NCBI NameLOC131012160
原始查询LOC131012160

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0315200
-
identity=34.5; qcov=0.458; evalue=6.58e-27; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012160

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057796061.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057796061.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057796061.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057796061.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057796061.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:35064740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr2:35064781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C29
Chr2:35064789 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,C28,C52
Chr2:35064793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B118,C16,C87
Chr2:35064795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B118,C16,C52,C87
Chr2:35064803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C28
Chr2:35064818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:35064819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C27
Chr2:35064832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C37,C5,C62
Chr2:35064844 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A10,B33,B55,B78,C27,C28
Chr2:35064849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B98,C22,C34,C44
Chr2:35064901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796061.1
367 aa
N
1
184
367
Ty3_capsid
PEG10_N-capsid
zf-CCHC
C
PF19259 Ty3_capsid 62-224 aa PF03732 PEG10_N-capsid 63-141 aa PF00098 zf-CCHC 322-338 aa
XP_057796062.1
367 aa
N
1
184
367
Ty3_capsid
PEG10_N-capsid
zf-CCHC
C
PF19259 Ty3_capsid 62-224 aa PF03732 PEG10_N-capsid 63-141 aa PF00098 zf-CCHC 322-338 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796061.1 Pfam PF19259 Ty3_capsid Domain 62 224 5.5e-09 36.4 Ty3 transposon capsid-like protein
XP_057796061.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 63 141 5.4e-14 53.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057796061.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 322 338 1e-05 26.1 Zinc knuckle
XP_057796062.1 Pfam PF19259 Ty3_capsid Domain 62 224 5.5e-09 36.4 Ty3 transposon capsid-like protein
XP_057796062.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 63 141 5.4e-14 53.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057796062.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 322 338 1e-05 26.1 Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940078.1
CCTTAAAGCTTACTACATCAATGTTGTCATTGGAGTTATGACTTGTTTACAAGTTAGAATAAGTTAACCTGTACAAGAATTCTTTAGAGGCTTGTATTAGATTATGCTAGAGTGTACTATTTGGCACATCTTTGCTATCAGAATGCCACCTAAGAGAGGATGCCCTGCGAGAAACAATAACAATCGCAGAAACCGTAACGCTGTACCCGAAGAACCACAAGATGCTCGAGGACATAACCCATGCCCTCCGCCCCCGACTA...
XM_057940079.1
CCTTAAAGCTTACTACATCAATGTTGTCATTGGAGTTATGACTTGTTTACAAGTTAGAATAAGTTAACCTGTACAAGAATTCTTTAGAGGCTTGTATTAGATTATGCTAGAGTGTACTATTTGGCACATCTTTGCTATCAGAATGCCACCTAAGAGAGGATGCCCTGCGAGAAACAATAACAATCGCAGAAACCGTAACGCTGTACCCGAAGAACCACAAGATGCTCGAGGACATAACCCATGCCCTCCGCCCCCGACTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012160
ATGCTAGAGTGTACTATTTGGCACATCTTTGCTATCAGAATGCCACCTAAGAGAGGATGCCCTGCGAGAAACAATAACAATCGCAGAAACCGTAACGCTGTACCCGAAGAACCACAAGATGCTCGAGGACATAACCCATGCCCTCCGCCCCCGACTAGGAGAGTCGAAGAACTCTTTTTAAGGCAAAATCCACCTACGTTTGACGGAACAAGTGAACCGGCTGAAGCTGAGATTTGGGTGCGTGCAATGGAACGTATTTT...
LOC131012160
ATGCTAGAGTGTACTATTTGGCACATCTTTGCTATCAGAATGCCACCTAAGAGAGGATGCCCTGCGAGAAACAATAACAATCGCAGAAACCGTAACGCTGTACCCGAAGAACCACAAGATGCTCGAGGACATAACCCATGCCCTCCGCCCCCGACTAGGAGAGTCGAAGAACTCTTTTTAAGGCAAAATCCACCTACGTTTGACGGAACAAGTGAACCGGCTGAAGCTGAGATTTGGGTGCGTGCAATGGAACGTATTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796061.1
MLECTIWHIFAIRMPPKRGCPARNNNNRRNRNAVPEEPQDARGHNPCPPPPTRRVEELFLRQNPPTFDGTSEPAEAEIWVRAMERIFNFLRCTDEERLSCVSFQLTGSADFWWEARRKILTPEQWASYTWEDFKTGLYDKYIPKSYRKKKEAEFYELKQGKKSVVEYDKEFCNLSRFAPQQVDTEEKMAEKFCAGLRYEIKMALASHGGLSYTESLNRALDIEAAMPSDKSVPPLISTPNDPPAASHTLKGKRKWDNNED...
XP_057796062.1
MLECTIWHIFAIRMPPKRGCPARNNNNRRNRNAVPEEPQDARGHNPCPPPPTRRVEELFLRQNPPTFDGTSEPAEAEIWVRAMERIFNFLRCTDEERLSCVSFQLTGSADFWWEARRKILTPEQWASYTWEDFKTGLYDKYIPKSYRKKKEAEFYELKQGKKSVVEYDKEFCNLSRFAPQQVDTEEKMAEKFCAGLRYEIKMALASHGGLSYTESLNRALDIEAAMPSDKSVPPLISTPNDPPAASHTLKGKRKWDNNED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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