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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001937

染色体: Chr02 坐标: 34774139-34775332 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001937
名称SmilChr02G001937
描述glutathione S-transferase U19-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向34774139 - 34775332 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012164
GeneID131012164
locus_tag-
NCBI NameLOC131012164
原始查询LOC131012164

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase U19-like
产物glutathione S-transferase U19-like
ArabidopsisAT1G78380 (GSTU19)
glutathione S-transferase TAU 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844174]
identity=70.8; qcov=0.986; evalue=1.49e-114; confidence=high
RiceOs09g0367700 (OsGSTU5)
-
identity=54; qcov=1.04; evalue=2.53e-88; confidence=high
GOGO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process)
KEGGsmil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012164

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796065.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057796065.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796065.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796065.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796065.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:34774489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B76
Chr2:34774561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:34774596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A18,B100,B78
Chr2:34774641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B54
Chr2:34774960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796065.1
219 aa
N
1
110
219
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
GST_C
GST_C_3
GST_C_2
C
PF02798 GST_N 4-76 aa PF13417 GST_N_3 7-76 aa PF13409 GST_N_2 13-76 aa PF00043 GST_C 116-192 aa PF14497 GST_C_3 119-197 aa PF13410 GST_C_2 121-188 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796065.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 4 76 1.2e-19 71.1 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057796065.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 7 76 3.7e-14 53.5 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057796065.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 13 76 1.3e-10 42.5 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057796065.1 Pfam PF00043 GST_C Domain 116 192 5.9e-11 43.2 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
XP_057796065.1 Pfam PF14497 GST_C_3 Domain 119 197 5.4e-06 27.3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
XP_057796065.1 Pfam PF13410 GST_C_2 Domain 121 188 1.2e-13 51.7 Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940082.1
TTGTTAAATTTAATTGATACAACTCTACAAATTTCAAATAATATAAAATTGAAATAGAAATCATCAACCGACATTGCGCTTATAAAAACGACCGCTTGCCCTTGTATTTTGCATACTCTGCTTCGAGACTATTTCAGTAAATCTCAATTAACACAGCGAAAAAAATCCAACAAAAAAAGAAAAATGGCGGAGAAGGTGATTCTGCTTGATATGTATCCAAGCATGTTCGGAATGAGGGCGAGAGTGGCGTTAGGGGTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012164
ATGGCGGAGAAGGTGATTCTGCTTGATATGTATCCAAGCATGTTCGGAATGAGGGCGAGAGTGGCGTTAGGGGTAAAGGGCGTGGAATACGAATACAGAGAGGAGGAGTTGAGCAACAAAAGTCAGCTTCTGCTTGAATCCAACCCCGTTCACAAGAAAATCCCCGTTTTGATTCACAACGGCAAACCCGTTTGCGAATCCCTCATCATTGTTCAGTACATCGACGAGGTGTGGAACCACAAATCCCCTCTTTTGCCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796065.1
MAEKVILLDMYPSMFGMRARVALGVKGVEYEYREEELSNKSQLLLESNPVHKKIPVLIHNGKPVCESLIIVQYIDEVWNHKSPLLPSDPYQKAQARFWADYIDKKLYDAGKKLGTTKGEEQEAAKKEFVEILKLLESQLGEKPFFGGDSFGFVDVALITFSTWFHTYEAFANFSIEEQCPKLAAWVKRCLEIEAVSKSLADPNKVYDFALALKKKLGVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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