当前解析结果
SmilChr01G005117| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005117 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005117 |
| 描述 | phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 68949488 - 68952268 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012176 |
|---|---|
| GeneID | 131012176 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012176 |
| 原始查询 | LOC131012176 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH10-like |
| 产物 | phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH10-like |
| Arabidopsis | AT2G18180 (AT2G18180)Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816331] identity=52.8; qcov=0.942; evalue=1.11e-162; confidence=high |
| Rice | Os02g0133200 (OsSNDP3)- identity=48.9; qcov=0.968; evalue=3.83e-147; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00650 (CRAL_TRIO) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012176 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.40000 | XP_057796074.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057796074.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057796074.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796074.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796074.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:68949500 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr1:68951488 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796074.1PF00650
CRAL_TRIO 12-167 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796074.1 |
Pfam | PF00650 |
CRAL_TRIO | Domain | 12 | 167 | 3.3e-29 | 102.4 | CRAL/TRIO domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。