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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005117

染色体: Chr01 坐标: 68949488-68952268 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005117
名称SmilChr01G005117
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH10-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68949488 - 68952268 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012176
GeneID131012176
locus_tag-
NCBI NameLOC131012176
原始查询LOC131012176

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH10-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH10-like
ArabidopsisAT2G18180 (AT2G18180)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816331]
identity=52.8; qcov=0.942; evalue=1.11e-162; confidence=high
RiceOs02g0133200 (OsSNDP3)
-
identity=48.9; qcov=0.968; evalue=3.83e-147; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012176

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057796074.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057796074.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057796074.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796074.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796074.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68949500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:68951488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796074.1
499 aa
N
1
250
499
CRAL_TRIO
C
PF00650 CRAL_TRIO 12-167 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796074.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 12 167 3.3e-29 102.4 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940091.1
ATGGAGGAAGGACTTTGGTTCCGACACCATTATGGAGGGGTCGACAAGGAGGGCAGGCCGGTCTACATTGAGAGGCTCGGTATGGTTGATTCGACCAAGCTCATGCAGGTCACCTCGATGGAACGCTACCTAAAATACCATGTTCAGGAGTTCGAGAGGACCTTCATCGACAAGTTTCCGGCCTGCTCCATTTCAGCCAAGAAGCATATAGACCAAAGCACAACTATTTTGGATGTCCAAGGAGTGGGGCTGAAAAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012176
ATGGAGGAAGGACTTTGGTTCCGACACCATTATGGAGGGGTCGACAAGGAGGGCAGGCCGGTCTACATTGAGAGGCTCGGTATGGTTGATTCGACCAAGCTCATGCAGGTCACCTCGATGGAACGCTACCTAAAATACCATGTTCAGGAGTTCGAGAGGACCTTCATCGACAAGTTTCCGGCCTGCTCCATTTCAGCCAAGAAGCATATAGACCAAAGCACAACTATTTTGGATGTCCAAGGAGTGGGGCTGAAAAGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796074.1
MEEGLWFRHHYGGVDKEGRPVYIERLGMVDSTKLMQVTSMERYLKYHVQEFERTFIDKFPACSISAKKHIDQSTTILDVQGVGLKSFTKSARELVQSLQKIDGDNYPETLFQMYIINAGSGFRLLWNTVKSFLDPKTTAKIHVLGNKFQSKLLEVIDASELPEFLGGTCACADKGGCLVSDRGPWNDPEIMKMVRNGDHKCAYRRSSSSVDEKMISEDENGNKSKKSMSFNMRDESPRSTASSDSIPQPQQQQQLPAPAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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