Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001955`

染色体: Chr02 坐标: 35286279-35288543 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001955`
名称	SmilChr02G001955
描述	polyphenol oxidase I, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	35286279 - 35288543 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012177`
GeneID	`131012177`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012177`
原始查询	`LOC131012177`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyphenol oxidase I, chloroplastic-like
产物	polyphenol oxidase I%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0624500` (Ph=Bhc(Po)) - identity=43.5; qcov=0.912; evalue=7.6e-130; confidence=medium
GO	GO:0004097 (catechol oxidase activity); GO:0046148 (pigment biosynthetic process)
KEGG	smil00350 (Tyrosine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00950 (Isoquinoline alkaloid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00264 (Tyrosinase); PF12142 (PPO1_DWL); PF12143 (PPO1_KFDV)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012177

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057796072.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.60000	`XP_057796072.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057796072.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796072.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796072.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:35286705`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,C25
`Chr2:35286730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,C25
`Chr2:35286976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr2:35286983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B8
`Chr2:35287067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr2:35287101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:35287226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,B67,C49
`Chr2:35287258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr2:35287423`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,A19,B118
`Chr2:35287579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:35287842`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C43,C8
`Chr2:35287842`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C43,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796072.1

580 aa

290

580

Tyrosinase

PPO1_DWL

PPO1_KFDV

PF00264 Tyrosinase 169-372 aa PF12142 PPO1_DWL 384-433 aa PF12143 PPO1_KFDV 456-573 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796072.1`	Pfam	`PF00264`	Tyrosinase	Domain	169	372	1.9e-35	123.9	Common central domain of tyrosinase
`XP_057796072.1`	Pfam	`PF12142`	PPO1_DWL	Domain	384	433	5.3e-22	78.0	Polyphenol oxidase middle domain
`XP_057796072.1`	Pfam	`PF12143`	PPO1_KFDV	Domain	456	573	6.9e-33	114.2	Chloroplastic Polyphenol Oxidase C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940089.1
ATCAATAATGTTTTGTCCCCAAGGGGACACCAAGCGGTGCGACCTCCTGTGTGTGAACAGTGAGGTCTCGGGTTCAAACCCCACTGCTCCCCCTCCCCAACTTCCCCAAGTAAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAATCAATAATGTTTTCGAATAAATCAATCTTTTCTTTTTGATTGGCGAGTAATAGAGAGAGAGTCAGAGATCAAATGCATATACCTACCCCCACTTTAATACACAATATGGGCTACTCTCATCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012177
ATGGCTTCCCTCTACCTTCATTGCACCACCACCGCCTCCTCCTCCCCCGCCCCTCCCTCTTCCAAACCCCACCCTCTCCTATCCAAGCCCACACCTTTCCTCTCCCATGCAAGGCGGAACCACCGCCACCCCCTCCGCGTCTCGGCCTCCGCCAGCCCAAACCAAAGCGACTCCGATTCCCAAGGCAAACTCGACCGCCGCAACGTCCTCCTCGGTCTGGGCGGCCTCTACGGCGCAACCAACCTGATCTCCACCGAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796072.1
MASLYLHCTTTASSSPAPPSSKPHPLLSKPTPFLSHARRNHRHPLRVSASASPNQSDSDSQGKLDRRNVLLGLGGLYGATNLISTEAASANPVQAPELDKCGTATNLNTGEQLDINCCPPITGNIIDYQLPPVYNLRTRKSAHRLTPTEAFKYNLAIERMKKLPEDDPRSFMQQAFIHCAYCNGAYNQPGQGDLDIQVHNSWLFFPFHRWYLYFYERILGNLIGDPTFALPFWNWDNPKGMTIPPIFLDPNAAIYDSKRN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器