Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002008

染色体: Chr02 坐标: 36216486-36222426 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002008
名称SmilChr02G002008
描述protein TIC 100
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向36216486 - 36222426 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012219
GeneID131012219
locus_tag-
NCBI NameLOC131012219
原始查询LOC131012219

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TIC 100
产物protein TIC 100
ArabidopsisAT5G22640 (emb1211)
MORN (Membrane Occupation and Recognition Nexus) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832327]
identity=59.1; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
Rice-
-
GOGO:0005829 (cytosol)
KEGG-
PfamPF02493 (MORN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012219

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796109.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796109.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057796109.1
4 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057796109.1
5 Cilium 纤毛 0.40000 XP_057796109.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:36216696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:36216752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C50
Chr2:36216853 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B35
Chr2:36216853 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B35
Chr2:36217163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B32
Chr2:36217166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:36217223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C70
Chr2:36217684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:36217758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:36218131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:36218152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:36218441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796109.1
818 aa
N
1
409
818
MORN
MORN
MORN
C
PF02493 MORN 208-224 aa PF02493 MORN 232-246 aa PF02493 MORN 326-341 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796109.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 208 224 9.8e-12 44.8 MORN repeat
XP_057796109.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 232 246 9.8e-12 44.8 MORN repeat
XP_057796109.1 Pfam PF02493 MORN Repeat 326 341 9.8e-12 44.8 MORN repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940126.1
ACAGGCCGGTACAAGCACACGCTGCAGTGAATTCACAGACAAAAACTTAAACCCCCGTCAATTTTCACTACCTTATCTTCTTCCCTCCTCTCTGCATTTCTCTGTCTCTCTCTCACACACGCCCATCAACAATGGCGAGCACCGAAGCTCAAAACGACTTCGAAACCCCAAAAAACGACTCCGATTCCGACTCCGAGCCCGCCCCCATTGAGCCCTCCGCCACCTCCTCCTCCTCCGATTCCGACTCCGACTCCGACGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012219
ATGGCGAGCACCGAAGCTCAAAACGACTTCGAAACCCCAAAAAACGACTCCGATTCCGACTCCGAGCCCGCCCCCATTGAGCCCTCCGCCACCTCCTCCTCCTCCGATTCCGACTCCGACTCCGACGACGAGCCCCTGAGCTACGTCCGGCCTGACGGCACGATTCAGCAAATAGAAGATGGTTCCGATGCCGAGAACACCCCCGAGGTGAACACCCGCCGCTTCGCCAGAATTCTGAACTCAAAGCGGCTGCGGCGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796109.1
MASTEAQNDFETPKNDSDSDSEPAPIEPSATSSSSDSDSDSDDEPLSYVRPDGTIQQIEDGSDAENTPEVNTRRFARILNSKRLRREEEEEEEDAEYPEDQFDFPPDPENWKEEDLKELWADAPIEMTKPGWDPNWVDDDEVEVISEEIKAGRDPPIAPFYVPYRKYYPVIPDNHYDISNPKAVIEELDRIEEFLIWVSFIFEDGSSYEGTVWDDMAHGKGVYVAEQGLVRYEGEWLQNQMEGHGVVEVEIPQMEPIPGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器