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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002010

染色体: Chr02 坐标: 36236379-36237725 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002010
名称SmilChr02G002010
描述major pollen allergen Ole e 10-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向36236379 - 36237725 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012222
GeneID131012222
locus_tag-
NCBI NameLOC131012222
原始查询LOC131012222

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述major pollen allergen Ole e 10-like
产物major pollen allergen Ole e 10-like
ArabidopsisAT2G30933 (AT2G30933)
Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767975]
identity=50.5; qcov=0.864; evalue=2.89e-49; confidence=medium
RiceOs05g0581900
-
identity=50.6; qcov=0.791; evalue=1.3e-46; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07983 (X8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012222

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057796117.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057796117.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796117.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796117.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796117.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:36236784 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 11 A10,B123,B138,B18,B39,B43,B64,B77,B83,B86,C84
Chr2:36236980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:36236992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A19,B68,C43
Chr2:36237010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C50
Chr2:36237088 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:36237096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B50,B82,C86
Chr2:36237375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:36237448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796117.1
220 aa
N
1
110
220
X8
C
PF07983 X8 80-150 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796117.1 Pfam PF07983 X8 Domain 80 150 2.9e-20 73.4 X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940134.1
CAGTGTGAATTCATTTATTTTTTCCATTACATTGTTTTTTCTTACACATAACTAGTGGTATGGTTGTACTTGATAAAAAAATAAAAAAGAAATTTCTGAGACTTCCTTCCCCACCCCCAAGAAAATGTCTCAAACTTCCATTTACACACACAACATAGTCTTCTCTCTCATGTTTTTTGCATATATTATGAATAAAGTTGTCTTTTAAAAGGGCAATGATGCTACTTTGGATTAACATGTTCAATCAGCTGTCTTCTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012222
ATGGCTCTGCCACACCTTCCATTCATTCATCTCCTTGCTCTTCTGCTCTGTTCAGCTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCATTCTGCTTCTCAAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCAAAAGGATGTAACAACTCCAATCACAACTGTTCCTTTGAGAAATCCTTCATCATTAAATCCAATGCTGGATCCAAGCGACTCAGAGCAACAAACTCCCACCATCACCACCCCATCCACGTCGTCCGGTAGCTGGTGCGTGGCCGGCCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796117.1
MALPHLPFIHLLALLLCSAASLSLSHSASQAAAAAEQKDVTTPITTVPLRNPSSLNPMLDPSDSEQQTPTITTPSTSSGSWCVAGLSATAAALQAALDYACGHGGADCSPIQPGGGCFAPTTLRGHASYAFNSYYQKNPIPTSCNFGGSALTTSTDPSYGTCQYPSVSTTSSVLNTTNSIGSRVFGAGPLPPSPTAPATPNFVSSSTHLLHFFALLLYYT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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