Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002062`

染色体: Chr02 坐标: 37149450-37160469 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002062`
名称	SmilChr02G002062
描述	probable galacturonosyltransferase 15
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	37149450 - 37160469 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012259`
GeneID	`131012259`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012259`
原始查询	`LOC131012259`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable galacturonosyltransferase 15
产物	probable galacturonosyltransferase 15
Arabidopsis	`AT3G58790` (GAUT15) galacturonosyltransferase 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825048] identity=53.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0578500` - identity=43; qcov=1.07; evalue=1.22e-129; confidence=medium
GO	GO:0047262 (polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01501 (Glyco_transf_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012259

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057796150.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057796150.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796150.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796150.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796150.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:37149868`	`T`	`TAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	26	A15,A16,A24,B104,B105,B106,B112,B121,B131,B3,B37,B45,B55,B6,B65,B98,C14,C29,C34,C40,C53,C6,C63,C80,D2,D7
`Chr2:37150114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr2:37150422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr2:37150461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C44
`Chr2:37150461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr2:37150745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr2:37150935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B40,C36
`Chr2:37150993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B122,B140,B72,C8
`Chr2:37152086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr2:37159907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B30,B82,C49
`Chr2:37160019`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796150.1

487 aa

244

487

Glyco_transf_8

PF01501 Glyco_transf_8 158-452 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796150.1`	Pfam	`PF01501`	Glyco_transf_8	Family	158	452	2e-58	198.7	Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940167.1
GTAGTCACATGAATAAATACGTTACTGAATTTGTTTATGCTTTTATCCCAACGTATACCAATGCGTGATCTTATTCTCTCTGACTACACACAGTTCACGTATCAAATATATATAAGTTGTAACACTACCCAGCCACTGAAACACACACACACACACACACACTCAAGTTGAAGCATCAAAGCAACTAGTGGAATAGGATCTGCTGAGCCAATTGATCTCCGAAGCTAAACTTTCCGTTAATCCAATGCGCTCTTCCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012259
ATGAAAGTGAAGAAGTCGGCCGCGGCGGCTGTCGGCCGGCGATTGGCTTATCGGACTGCGATGTTGCCGGCGGTGCTGATGCTTGCTTTAGTTTTGCCCTTTCTCTTCATTAGGACTGCGTTTCTAGTTCTGGAATCTGCTGCTCTTTGCTCTTCCTCTATCGGCTGCATTACACGGAGGGTTTTCGGCGGGAGTGACGTGTCCGTGGCGAGAGAAGAGCTGAGAAAGGCGTTGTTGGAGGCAGCAAGCAGTAGCAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796150.1
MKVKKSAAAAVGRRLAYRTAMLPAVLMLALVLPFLFIRTAFLVLESAALCSSSIGCITRRVFGGSDVSVAREELRKALLEAASSSNDDDVEIEKLDGGPISFKDLVRDFTSNKHDIRYFAFTTKTMIEKMERLVSSAKWQESVYWHLATHGVPNSLHCLSLVLAEEYAVNAMARARLPPPHHVHRLTDPLSHHVVLLTDNALAASVVVSSAVKASSNPGALVFHVVTDRKSYTSMHSWFALNNIHSAVIEIKGLHHYDLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器