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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002072

染色体: Chr02 坐标: 37306565-37312550 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002072
名称SmilChr02G002072
描述uncharacterized SmilChr02G002072
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向37306565 - 37312550 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012266
GeneID131012266
locus_tag-
NCBI NameLOC131012266
原始查询LOC131012266

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Peptidase C13 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837397]; symbol=AT1G08750; hit=AT1G08750; species=arabidopsis; confidence=high
产物Peptidase C13 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837397]; symbol=AT1G08750; hit=AT1G08750; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G08750 (AT1G08750)
Peptidase C13 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837397]
identity=74; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0219400
-
identity=75.5; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003923 (GPI-anchor transamidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0016255 (attachment of GPI anchor to protein); GO:0034394 (protein localization to cell surface); GO:0042765 (GPI-anchor transamidase complex)
KEGGsmil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01650 (Peptidase_C13)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012266

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057796157.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796157.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796157.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796157.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796157.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:37308334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr2:37309602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:37311095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:37311156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796157.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
XP_057796158.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
XP_057796159.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
XP_057796160.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
XP_057796161.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
XP_057796162.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
XP_057796163.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
XP_057796164.1
402 aa
N
1
201
402
Peptidase_C13
C
PF01650 Peptidase_C13 39-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796157.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family
XP_057796158.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family
XP_057796159.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family
XP_057796160.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family
XP_057796161.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family
XP_057796162.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family
XP_057796163.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family
XP_057796164.1 Pfam PF01650 Peptidase_C13 Domain 39 273 2.7e-45 155.6 Peptidase C13 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940176.1
ATCAGAAAATAGAAATTAGGAAATAGGTTTTGATTTCTCTCTCACCACCGTTCTCTCTCTCTCTCTGCCTCTTCGGCTCTTCCGTTTCACTCTCTCTCGGTCTCGCTCTGCAACCGCCGGTCACCGCCGCCCCCGCCTCCTCCGGTCGCCCGTGGCCACGGCCTCACCGCCTCGAACATTTCCGTCAAGGGCTTGCGATTTGCAAGCGCCAAGCAGGCAGCACAGCAGCAGTGCGCCGTCTCGTCTCCTTCGATTGACAG...
XM_057940177.1
ATAGGTTTTGATTTCTCTCTCACCACCGTTCTCTCTCTCTCTCTGCCTCTTCGGCTCTTCCGTTTCACTCTCTCTCGGTCTCGCTCTGCAACCGCCGGTCACCGCCGCCCCCGCCTCCTCCGGTCGCCCGTGGCCACGGCCTCACCGCCTCGAACATTTCCGTCAAGGGCTTGCGATTTGCAAGCGCCAAGCAGGCAGCACAGCAGCAGTGCGCCGTCTCGTCTCCTTCGATTGACAGCTGCAGTGCGACTGCGCAGCGC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131012266
ATGGCGACATCATCCAAATTCAAGCCGTTGTCGATTGCGATCCTTCTACTGTTCCTCTGCAATGCGATCGCCTCAAGTGCGTCCGGTTCTTCCTCTACCACTATGCACACCAACAATTGGGCTATTCTTGTCTGTACCTCCCGCTTCTGGTTTAATTATCGGCATATGGCCAATACTTTATCCTTGTACAGAACGGTGAAACGATTAGGAATTCCAGATGAGAGGATAATTCTCATGCTGGCTGATGATATGGCTTGCAA...
LOC131012266
ATGGCGACATCATCCAAATTCAAGCCGTTGTCGATTGCGATCCTTCTACTGTTCCTCTGCAATGCGATCGCCTCAAGTGCGTCCGGTTCTTCCTCTACCACTATGCACACCAACAATTGGGCTATTCTTGTCTGTACCTCCCGCTTCTGGTTTAATTATCGGCATATGGCCAATACTTTATCCTTGTACAGAACGGTGAAACGATTAGGAATTCCAGATGAGAGGATAATTCTCATGCTGGCTGATGATATGGCTTGCAA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057796157.1
MATSSKFKPLSIAILLLFLCNAIASSASGSSSTTMHTNNWAILVCTSRFWFNYRHMANTLSLYRTVKRLGIPDERIILMLADDMACNARNKYPAQVFNNENHRLNLYGDNVEVDYRGYEVTVENFLRILTGRHETAVPRSKRLLSDEGSHILLYMTGHGGDEFLKFQDSEELQSHDLADAVKQMKEKRRFKELLIMVDTCQAATLFSQLQSPGVLAIGSSKKGENSYSHHLDSDVGVSVVDRFTFYTLAFFERLNMYDNA...
XP_057796158.1
MATSSKFKPLSIAILLLFLCNAIASSASGSSSTTMHTNNWAILVCTSRFWFNYRHMANTLSLYRTVKRLGIPDERIILMLADDMACNARNKYPAQVFNNENHRLNLYGDNVEVDYRGYEVTVENFLRILTGRHETAVPRSKRLLSDEGSHILLYMTGHGGDEFLKFQDSEELQSHDLADAVKQMKEKRRFKELLIMVDTCQAATLFSQLQSPGVLAIGSSKKGENSYSHHLDSDVGVSVVDRFTFYTLAFFERLNMYDNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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