当前解析结果
SmilChr02G002087| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002087 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002087 |
| 描述 | protein SYM1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 37456273 - 37458321 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012282 |
|---|---|
| GeneID | 131012282 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012282 |
| 原始查询 | LOC131012282 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SYM1-like |
| 产物 | protein SYM1-like |
| Arabidopsis | AT2G42770 (AT2G42770)Peroxisomal membrane 22 kDa (Mpv17/PMP22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818877] identity=64.8; qcov=0.944; evalue=1.15e-86; confidence=high |
| Rice | Os01g0730800- identity=64.8; qcov=0.85; evalue=8.66e-81; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04117 (Mpv17_PMP22) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012282 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057796187.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.40000 | XP_057796187.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057796187.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057796187.1 |
| 5 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057796187.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:37457253 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr2:37457297 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:37457303 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:37457304 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B32 |
Chr2:37457304 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:37457309 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr2:37457539 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr2:37457573 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D10 |
Chr2:37457573 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:37457626 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,C22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796187.1PF04117
Mpv17_PMP22 155-209 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796187.1 |
Pfam | PF04117 |
Mpv17_PMP22 | Family | 155 | 209 | 1.1e-16 | 61.4 | Mpv17 / PMP22 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。