Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002102`

染色体: Chr02 坐标: 37690636-37694439 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002102`
名称	SmilChr02G002102
描述	multisite-specific tRNA:(cytosine-C(5))-methyltransferase trm4b
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	37690636 - 37694439 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012292`
GeneID	`131012292`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012292`
原始查询	`LOC131012292`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	multisite-specific tRNA:(cytosine-C(5))-methyltransferase trm4b
产物	multisite-specific tRNA:(cytosine-C(5))-methyltransferase trm4b
Arabidopsis	`AT5G66180` (AT5G66180) S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836750] identity=64.9; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0320100` (ROX2) - identity=64.4; qcov=0.977; evalue=5e-180; confidence=high
GO	GO:0001510 (RNA methylation); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01189 (Methyltr_RsmB-F)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796199.1`
2	Nucleolus	核仁	0.80000	`XP_057796199.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796199.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796199.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796199.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:37690890`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	C2,C32,C47,C68
`Chr2:37690890`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	C2,C32,C47,C68
`Chr2:37691374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:37692319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,C28,C70,C71
`Chr2:37692357`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C2,C32,C47,C68
`Chr2:37692379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C48
`Chr2:37692513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C2,C32,C47,C68
`Chr2:37692621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,D11
`Chr2:37693319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:37694176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr2:37694187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B47,B78,C82
`Chr2:37694188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796199.1

391 aa

196

391

Methyltr_RsmB-F

PF01189 Methyltr_RsmB-F 102-172 aa PF01189 Methyltr_RsmB-F 250-386 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796199.1`	Pfam	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	Domain	102	172	2.8e-29	102.9	16S rRNA methyltransferase RsmB/F
`XP_057796199.1`	Pfam	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	Domain	250	386	2.8e-29	102.9	16S rRNA methyltransferase RsmB/F

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940216.1
TGAAGCAATCGGAGAGATGAAGGGCCCAAAAGTAATTATTCCTCGAACCTATTTTTACCCGCGTTACGAATACAGGGGCAAAAGGGGTAGTTGGATAAAAACCAACAAAAGGCGAGAGAGAGCTGTTAACGGCGTCCTCGCCGCCGCTGCAGCTGTCCACGACACGTGCTCTGATCGGCACAGGTTTTCATCTATTTCGTGTCTGTGTCAGTTCCATGGAGGTGGTGGCAGGCGCCTCTGAATTGCTGCTGCCGGAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012292
ATGGAGGTGGTGGCAGGCGCCTCTGAATTGCTGCTGCCGGAATCATTTCTCGAATTTCTCAATCAAAACGACTTGGATCCTTCAATTTATGCCGCCTCTCAGTCTACTCCTCGTTACATTAGGTTAAAACCAGGATGTAAACTCGAGTTGGCAGAAATTGAAGATGAACTTAAGTGTAAGCTTGAAGAGGTTTGTTGGCTGCCTGATTTTTATTATCTTCCACCTGATGTTCGAATCGCGAGCACGAAGGCATATCAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796199.1
MEVVAGASELLLPESFLEFLNQNDLDPSIYAASQSTPRYIRLKPGCKLELAEIEDELKCKLEEVCWLPDFYYLPPDVRIASTKAYQEGKIYGIDAASGAAVLALDVSPGDHVLDLCAAPGAKLCMILDLLGCSGSVTGVDVARHRLAASRTMLQKYAVGDQCRLFVADGTTFSLTPLRAQSNSKSCNTEEEEKNEIYNKWTPRRPWKERKRIAKASKTFSQIQEPDLIFYGKHSGVVGLSRRDVYRRVNDHEISQFGYDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器