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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002105

染色体: Chr02 坐标: 37727777-37731661 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002105
名称SmilChr02G002105
描述uncharacterized SmilChr02G002105
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向37727777 - 37731661 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012296
GeneID131012296
locus_tag-
NCBI NameLOC131012296
原始查询LOC131012296

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述arginine N-methyltransferase, putative (DUF688) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817650]; symbol=AT2G30990; hit=AT2G30990; species=arabidopsis; confidence=low
产物arginine N-methyltransferase, putative (DUF688) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817650]; symbol=AT2G30990; hit=AT2G30990; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G30990 (AT2G30990)
arginine N-methyltransferase, putative (DUF688) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817650]
identity=32.4; qcov=1.05; evalue=1.4e-66; confidence=low
RiceOs01g0758900
-
identity=32.1; qcov=0.348; evalue=1.39e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05097 (DUF688)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012296

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796203.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796203.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796203.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796203.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796203.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:37728095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,D11
Chr2:37728105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B3
Chr2:37728421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B23,C27,C44
Chr2:37728855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,C56,C65,D9
Chr2:37728856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B45,B95,C14
Chr2:37729049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:37729109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:37729227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:37729578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B14
Chr2:37729639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796203.1
645 aa
N
1
322
645
DUF688
C
PF05097 DUF688 7-370 aa
XP_057796204.1
617 aa
N
1
308
617
DUF688
C
PF05097 DUF688 7-370 aa
XP_057796205.1
617 aa
N
1
308
617
DUF688
C
PF05097 DUF688 7-370 aa
XP_057796206.1
617 aa
N
1
308
617
DUF688
C
PF05097 DUF688 7-370 aa
XP_057796207.1
617 aa
N
1
308
617
DUF688
C
PF05097 DUF688 7-370 aa
XP_057796208.1
617 aa
N
1
308
617
DUF688
C
PF05097 DUF688 7-370 aa
XP_057796209.1
617 aa
N
1
308
617
DUF688
C
PF05097 DUF688 7-370 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796203.1 Pfam PF05097 DUF688 Family 7 370 2.9e-82 278.0 Protein of unknown function (DUF688)
XP_057796204.1 Pfam PF05097 DUF688 Family 7 370 2.4e-82 278.2 Protein of unknown function (DUF688)
XP_057796205.1 Pfam PF05097 DUF688 Family 7 370 2.4e-82 278.2 Protein of unknown function (DUF688)
XP_057796206.1 Pfam PF05097 DUF688 Family 7 370 2.4e-82 278.2 Protein of unknown function (DUF688)
XP_057796207.1 Pfam PF05097 DUF688 Family 7 370 2.4e-82 278.2 Protein of unknown function (DUF688)
XP_057796208.1 Pfam PF05097 DUF688 Family 7 370 2.4e-82 278.2 Protein of unknown function (DUF688)
XP_057796209.1 Pfam PF05097 DUF688 Family 7 370 2.4e-82 278.2 Protein of unknown function (DUF688)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940225.1
CATCACATGATCCAAAAAACACTACACCAAAAGGCAAAGTCCATCATTAATATACTAAGAAAATGTATGAATGCATTGATTCACTTAATCCCATAACAAAATTTTAAAATTTCACACACACACTAAAAGATGCCTGCAAAAAATAGTCTACTAGTATTACATGTTTCTCCTTCATTTACAGAAGCTTCCATCAATAAATATATACCCAAATTGGTTCTAGTGTATTGCAGCAAGAATTCAGCCAAGAAAAACAGTCCATA...
XM_057940220.1
CAAAAGGCAAAGTCCATCATTAATATACTAAGAAAATGTATGAATGCATTGATTCACTTAATCCCATAACAAAATTTTAAAATTTCACACACACACTAAAAGATGCCTGCAAAAAATAGTCTACTAGTATTACATGTTTCTCCTTCATTTACAGAAGCTTCCATCAATAAATATATACCCAAATTGGTTCTAGTGTATTGCAGCAAGAATTCAGCCAAGAAAAACAGTCCATATTCAAGATTCTTCATTCTTCTTGGGAA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131012296
ATGCTGCTGAAGAATCTGATGGAGGACAAGCAGCTGAATTTCGACCAACCATTTTTATCCGTGAGGCGACACGCACCACCAACTGTGACCTCTCAGAAACGAGACAACAAGAGAATCGATAGCTATTCCTATCAAGTAAGACCTCAGCTTCCTACTTATAGATCAGAGCTGAAATCCGGTCCTATTAGGAATCCCGGAGCAGTGCCATTTCTATGGGAACATTCCCCAGGACAACCTAAGGAGGAGGCGAAACCACAAAC...
LOC131012296
ATGCTGCTGAAGAATCTGATGGAGGACAAGCAGCTGAATTTCGACCAACCATTTTTATCCGTGAGGCGACACGCACCACCAACTGTGACCTCTCAGAAACGAGACAACAAGAGAATCGATAGCTATTCCTATCAAGTAAGACCTCAGCTTCCTACTTATAGATCAGAGCTGAAATCCGGTCCTATTAGGAATCCCGGAGCAGTGCCATTTCTATGGGAACATTCCCCAGGACAACCTAAGGAGGAGGCGAAACCACAAAC...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057796203.1
MLLKNLMEDKQLNFDQPFLSVRRHAPPTVTSQKRDNKRIDSYSYQVRPQLPTYRSELKSGPIRNPGAVPFLWEHSPGQPKEEAKPQTRSSDKPPIAPMLPPGRYPKAKQHDSRIVSRRTTGIKSQAVDAPCTSEDKKQDVPVSCDSRTGLSNDEDVKNDESRKDTPKEEEGGSDSEDSNEAYVDARDTLSRTEYSFLNCSMSGLSGVEDLDVKSSERFSTDPQAREFMMDRFLPAAKAMASETPHAPKKQPMQVQQQQQP...
XP_057796204.1
MLLKNLMEDKQLNFDQPFLSVRRHAPPTVTSQKRDNKRIDSYSYQVRPQLPTYRSELKSGPIRNPGAVPFLWEHSPGQPKEEAKPQTRSSDKPPIAPMLPPGRYPKAKQHDSRIVSRRTTGIKSQAVDAPCTSEDKKQDVPVSCDSRTGLSNDEDVKNDESRKDTPKEEEGGSDSEDSNEAYVDARDTLSRTEYSFLNCSMSGLSGVEDLDVKSSERFSTDPQAREFMMDRFLPAAKAMASETPHAPKKQPMQVQQQQQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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