Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002106

染色体: Chr02 坐标: 37759983-37770656 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002106
名称SmilChr02G002106
描述serine/threonine-protein kinase EDR1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向37759983 - 37770656 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012298
GeneID131012298
locus_tag-
NCBI NameLOC131012298
原始查询LOC131012298

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase EDR1-like
产物serine/threonine-protein kinase EDR1-like
ArabidopsisAT3G58640 (AT3G58640)
Mitogen activated protein kinase kinase kinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825033]
identity=67.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0674100
-
identity=65.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14381 (EDR1_CTR1_ARMC3_pept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012298

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796212.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796212.1
3 Ruffle Ruffle 0.20000 XP_057796216.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796212.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796212.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:37762330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,C56,C65,D9
Chr2:37762637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:37762647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:37763556 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr2:37763556 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr2:37764111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,C34,C56,C81,D6
Chr2:37765597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B13,C20
Chr2:37767668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B45
Chr2:37769896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B45
Chr2:37769905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796212.1
810 aa
N
1
405
810
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 60-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 555-802 aa PF00069 Pkinase 556-800 aa
XP_057796213.1
810 aa
N
1
405
810
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 60-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 555-802 aa PF00069 Pkinase 556-800 aa
XP_057796214.1
810 aa
N
1
405
810
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 60-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 555-802 aa PF00069 Pkinase 556-800 aa
XP_057796215.1
810 aa
N
1
405
810
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 60-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 555-802 aa PF00069 Pkinase 556-800 aa
XP_057796216.1
787 aa
N
1
394
787
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 60-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 532-779 aa PF00069 Pkinase 533-777 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796212.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 60 257 2.7e-52 178.3 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057796212.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 555 802 3.4e-61 207.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796212.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 556 800 5.7e-52 177.4 Protein kinase domain
XP_057796213.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 60 257 2.7e-52 178.3 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057796213.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 555 802 3.4e-61 207.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796213.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 556 800 5.7e-52 177.4 Protein kinase domain
XP_057796214.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 60 257 2.7e-52 178.3 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057796214.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 555 802 3.4e-61 207.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796214.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 556 800 5.7e-52 177.4 Protein kinase domain
XP_057796215.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 60 257 2.7e-52 178.3 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057796215.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 555 802 3.4e-61 207.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796215.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 556 800 5.7e-52 177.4 Protein kinase domain
XP_057796216.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 60 257 2.6e-52 178.3 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057796216.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 532 779 3.2e-61 207.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796216.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 533 777 5.3e-52 177.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940229.1
TATAATACAGGCAATTAATTCCTCTTTTTCCTCCTAAAAGAAAACCCGAATACCAAACCCGACCCGAATAGACCAGTACGGATTTTATTCGGGTACAATAAAACGCCCGCCTCCCAACAATATATAAGTTCATAGCACTGCAGCTATTAATTTACCTGTGTTAGTTTTTGCAGCTCATTGATTCCGATTCAAAATTTGATTGTTGGTTCATTTCGAAAATTTCTATTTATTTTTGTCGCCTTCCTTAATTTTTGGAAGTA...
XM_057940233.1
TATAATACAGGCAATTAATTCCTCTTTTTCCTCCTAAAAGAAAACCCGAATACCAAACCCGACCCGAATAGACCAGTACGGATTTTATTCGGGTACAATAAAACGCCCGCCTCCCAACAATATATAAGTTCATAGCACTGCAGCTATTAATTTACCTGTGTTAGTTTTTGCAGCTCATTGATTCCGATTCAAAATTTGATTGTTGGTTCATTTCGAAAATTTCTATTTATTTTTGTCGCCTTCCTTAATTTTTGGAAGTA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131012298
ATGGACATGGAGGATATGCGAGATGATAATCAACCTTTAGAGCAGAATTCTCCAAGTGGTTCATGGTGGCCTTCGGATTTTGCTGAGAGTTTTGGATCTATATCCTTGGAATCTAGAAATGAGAATCTAAGGACCAAAGAATACAATAATAAAGAGAAGTATGACAGATTATCATATAAAAGAGCATCACAAATCCTGTGGAGCACAGGAGTGCTTTCTGAACCAATTCCAAATGGTTTCTACTCTGTTGTTCCAGATAA...
LOC131012298
ATGGACATGGAGGATATGCGAGATGATAATCAACCTTTAGAGCAGAATTCTCCAAGTGGTTCATGGTGGCCTTCGGATTTTGCTGAGAGTTTTGGATCTATATCCTTGGAATCTAGAAATGAGAATCTAAGGACCAAAGAATACAATAATAAAGAGAAGTATGACAGATTATCATATAAAAGAGCATCACAAATCCTGTGGAGCACAGGAGTGCTTTCTGAACCAATTCCAAATGGTTTCTACTCTGTTGTTCCAGATAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057796212.1
MDMEDMRDDNQPLEQNSPSGSWWPSDFAESFGSISLESRNENLRTKEYNNKEKYDRLSYKRASQILWSTGVLSEPIPNGFYSVVPDKKLKELYEDIPTLEELNALEHEGLRADVILVDAEKDKKLSMLKQLIVALVKGLNSNAAAVIKKIAGLVSDFYKRPNSEISPKKAAQEESSHLSESRGVQLLGQIRHASCRPRAILFKVLADAVGLEMRLVVGLPTEGTSECVDSHKHMSVSVVLNSVELLVDLMRFPGQLIPRS...
XP_057796213.1
MDMEDMRDDNQPLEQNSPSGSWWPSDFAESFGSISLESRNENLRTKEYNNKEKYDRLSYKRASQILWSTGVLSEPIPNGFYSVVPDKKLKELYEDIPTLEELNALEHEGLRADVILVDAEKDKKLSMLKQLIVALVKGLNSNAAAVIKKIAGLVSDFYKRPNSEISPKKAAQEESSHLSESRGVQLLGQIRHASCRPRAILFKVLADAVGLEMRLVVGLPTEGTSECVDSHKHMSVSVVLNSVELLVDLMRFPGQLIPRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器