Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002120`

染色体: Chr02 坐标: 37958598-37960752 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002120`
名称	SmilChr02G002120
描述	ABC transporter G family member 10-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	37958598 - 37960752 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012309`
GeneID	`131012309`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012309`
原始查询	`LOC131012309`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter G family member 10-like
产物	ABC transporter G family member 10-like
Arabidopsis	`AT1G53270` (ABCG10) ABC-2 type transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841761] identity=54.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0615500` (OsABCG2) - identity=53.4; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012309

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057796222.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057796222.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057796222.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796222.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796222.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:37959160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:37959546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr2:37959577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B63,B83,C8
`Chr2:37959928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C61
`Chr2:37959931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A9,B89,D1
`Chr2:37959987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B91,C58,D10
`Chr2:37960015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B59
`Chr2:37960153`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:37960179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B62,C37
`Chr2:37960180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:37960280`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C56
`Chr2:37960280`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796222.1

598 aa

299

598

ABC_tran

ABC2_membrane

PF00005 ABC_tran 52-202 aa PF01061 ABC2_membrane 322-532 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796222.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	52	202	8.8e-31	108.0	ABC transporter
`XP_057796222.1`	Pfam	`PF01061`	ABC2_membrane	Domain	322	532	6.7e-49	167.0	ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940239.1
TAACGAAAAACTTTATAACTACCATGTAACATTTCATGTGTCTTTCTCTCTCGCTCTCTCTCCCCAACAAAAATCTCCTTGTATAGTGGGATAATTCAACTTGAGGTAGCCCACATGATTAGTACCATTTCTGATTGACTAAGTGTTACCTGTCCAAATTTAAAAAGAAAGAAAAAAATATCTCAACCGTTTGAGGCGCAATAGGGCCATGAATCACGAAACAAATGCCCATGCATGCATTCATACACCTCTCTCACTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012309
ATGGAGCTACCCATCCAATCTCACCTACAAACTTCTCACTACAAGCTCAACACCGATAACGTCTCCTACGAATTGTCTTCAAGATACAACGATTATTTCAACCGGCTACCTTTCATCTCATGTCTCGACCACAACCAATGTTCCAAGTTCCTCCTCAAAAACGTGACCTGTGACGCTAACCCGGGGAAGCTCACCGCGGTCGCGGGCCCCAGTGGCGCCGGCAAGACCACGCTGCTGGAGATTCTGGCCGGGATGATCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796222.1
MELPIQSHLQTSHYKLNTDNVSYELSSRYNDYFNRLPFISCLDHNQCSKFLLKNVTCDANPGKLTAVAGPSGAGKTTLLEILAGMIVPARLSGRVLVNNRPMNPPHFRRVSGYVTQDDALFPLLTVEETLTYSARLRLKAGRDKVAARVQKLLNQLGLDHISGVRVGDESSRGISGGEKRRLSIGVDLVHDPSVLLLDEPTSGLDSASALDVISLLKSMAKNQHKTIVVTIHQPGFRILELIDHVILLNNGAVVHNGSLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器