Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002123`

染色体: Chr02 坐标: 38000514-38005590 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002123`
名称	SmilChr02G002123
描述	uncharacterized SmilChr02G002123
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38000514 - 38005590 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012311`
GeneID	`131012311`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012311`
原始查询	`LOC131012311`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817669]; symbol=AT2G31130; hit=AT2G31130; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817669]; symbol=AT2G31130; hit=AT2G31130; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G31130` (AT2G31130) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817669] identity=58.8; qcov=0.192; evalue=7.58e-23; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057796224.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057796224.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057796224.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057796224.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796224.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38002286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr2:38003019`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B104,B65,C10,C53
`Chr2:38003146`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B60
`Chr2:38003146`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B60
`Chr2:38003149`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B60
`Chr2:38003149`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B60
`Chr2:38003151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr2:38003426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr2:38003620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,C48,C5
`Chr2:38003642`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,C53
`Chr2:38003682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B65,C10,C53
`Chr2:38003695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B65,C10,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940244.1
AATAATAATAATATAATCGTTATAAATTTTTTTATTTTATTTCTTTTTTTGTCGCAATTTAAATTTATTTCTAGGGTCAATGAACGGCTTGTACACGTGTCAAGATCCCATGCCGAAAAGAAACCCGATGAACTCAGCCTTTACGTTTATCATTCTTCTACTCAATCCCCTCTCTCTACTCTCTCTCCCTCCCTCTAACTCTCTTTCGCGTATGTTCTTGTATTCTTATGCTCGTTTTATTACTTGTATGTATATCAAAA...

XM_057940251.1
TAGGGTCAATGAACGGCTTGTACACGTGTCAAGATCCCATGCCGAAAAGAAACCCGATGAACTCAGCCTTTACGTTTATCATTCTTCTACTCAATCCCCTCTCTCTACTCTCTCTCCCTCCCTCTAACTCTCTTTCGCCTGTCTAGCCACTTGTCTAGGGAGCGGATATAGAAAGCCGCTTGATATCAACTTCATCCCTTACTATGTCTTTCAAAGGTATAACGTGGGCTGGAAATGTATACGAAAAGTTTGAGGCTATG...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA

LOC131012311
ATGTCTTTCAAAGGTATAACGTGGGCTGGAAATGTATACGAAAAGTTTGAGGCTATGTGTTTGGAGGTGGAAGAAGCTATGTACCAGGATACCGTTAAATACGTGGAAAATCAGGTGCAGAAAGTTGGTGTTAGTGTAAAGAAGTTCTATTCAGAAGTGATGGATGATATGCGTCCTCTATCGTGTATAGATCCAACGAGCGTAGCTGATGACTTGTCTCCTATCCCCTATGGTTACACCGATGTCAACAAAAAGCCAAC...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA

XP_057796224.1
MSFKGITWAGNVYEKFEAMCLEVEEAMYQDTVKYVENQVQKVGVSVKKFYSEVMDDMRPLSCIDPTSVADDLSPIPYGYTDVNKKPTPGILDNRRDLKKKKNDDQVLLNITAEKGSSNVCLFSPQSPGIFIEHKSPEKCAVSKKIGVQRRAIGIKRISKSNYPSKDSCRTTSTSEDKGSKVASCDTRTNSRLASDNMDVTSSSDFAGRCGAREAVKGNAPNLNHSIESPASDEVLLPQSVRQDSLRASSRLASDNMDVTS...

XP_057796225.1
MSFKGITWAGNVYEKFEAMCLEVEEAMYQDTVKYVENQVQKVGVSVKKFYSEVMDDMRPLSCIDPTSVADDLSPIPYGYTDVNKKPTPGILDNRRDLKKKKNDDQVLLNITAEKGSSNVCLFSPQSPGIFIEHKSPEKCAVSKKIGVQRRAIGIKRISKSNYPSKDSCRTTSTSEDKGSKVASCDTRTNSRLASDNMDVTSSSDFAGRCGAREAVKGNAPNLNHSIESPASDEVLLPQSVRQDSLRASSRLASDNMDVTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器