Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002125`

染色体: Chr02 坐标: 38015292-38017962 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002125`
名称	SmilChr02G002125
描述	uncharacterized SmilChr02G002125
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38015292 - 38017962 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012315`
GeneID	`131012315`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012315`
原始查询	`LOC131012315`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	diiron containing four-helix bundle family ferritin protein, putative (Protein of unknown function DUF455) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837134]; symbol=AT1G06240; hit=AT1G06240; species=arabidopsis; confidence=high
产物	diiron containing four-helix bundle family ferritin protein, putative (Protein of unknown function DUF455) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837134]; symbol=AT1G06240; hit=AT1G06240; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G06240` (AT1G06240) diiron containing four-helix bundle family ferritin protein, putative (Protein of unknown function DUF455) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837134] identity=66.3; qcov=0.907; evalue=2.94e-167; confidence=high
Rice	`Os01g0214400` - identity=62.2; qcov=0.541; evalue=3.46e-86; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04305 (DUF455)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012315

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057796239.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796239.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796239.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796239.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38015810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr2:38015817`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B88
`Chr2:38015817`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B88
`Chr2:38015965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:38015986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B62,C37
`Chr2:38016035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr2:38016041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:38016074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:38016487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C41,C76
`Chr2:38017514`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B35,C22
`Chr2:38017565`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A24,B1,B103,B118,B30,B41,B54,B81,B84,B93,C10,C24,C6
`Chr2:38017814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796239.1

386 aa

193

386

DUF455

PF04305 DUF455 105-350 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796239.1`	Pfam	`PF04305`	DUF455	Family	105	350	1.8e-83	280.6	Protein of unknown function (DUF455)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940256.1
TGTTTGTTTCTTTTGTATCGAAATAAAGAAAAGTGAAAAATGTGAAATAAATGAAAATTGTTTTAAATTTGTAATGTTGCAGCAGCTGAAGTCGAGGGCGATGCTCTCCGCAGCCGTACACAGAGTCATCTTCCGCCGCAAACCAGCGCCGCCGCCGACGCACCACCGATGCTTTTGCTCCCTCACGTCCATCGACTATCCCCCACTCGACCACCAGCCGCAGTGGTCCGGCCTCCACCAGTGGCGGCGCAGCCCGCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012315
ATGTTGCAGCAGCTGAAGTCGAGGGCGATGCTCTCCGCAGCCGTACACAGAGTCATCTTCCGCCGCAAACCAGCGCCGCCGCCGACGCACCACCGATGCTTTTGCTCCCTCACGTCCATCGACTATCCCCCACTCGACCACCAGCCGCAGTGGTCCGGCCTCCACCAGTGGCGGCGCAGCCCGCTCAACCGCGACCGCCATTGGGGCCCGAACGGCCCGATTCAGCAGCTTAATGAAATTGAACACGCTCTATCATCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796239.1
MLQQLKSRAMLSAAVHRVIFRRKPAPPPTHHRCFCSLTSIDYPPLDHQPQWSGLHQWRRSPLNRDRHWGPNGPIQQLNEIEHALSSPDFSSCSSLAEIAGVVLSTPDPIAKANLSHAAYAKWRRQGFPIGVSNAPSRPARPAKPLLVSPKDIPSPKSSGLPLNAYMLHNLAHVELNAIDLAWDTVVRFSPYIELLGEGFFADFAHVADDESRHFTWCSQRLAELGFSYGDMPAHGILWAECEKSSNNVAARLACIPLVQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器