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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002130

染色体: Chr02 坐标: 38146714-38147736 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002130
名称SmilChr02G002130
描述ethylene-responsive transcription factor 4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向38146714 - 38147736 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012324
GeneID131012324
locus_tag-
NCBI NameLOC131012324
原始查询LOC131012324

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor 4-like
产物ethylene-responsive transcription factor 4-like
ArabidopsisAT5G44210 (ERF9)
erf domain protein 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834444]
identity=43.6; qcov=1; evalue=3.54e-40; confidence=medium
RiceOs05g0361700 (OsERF#061)
-
identity=71; qcov=0.356; evalue=9.2e-27; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012324

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796248.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796248.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796248.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796248.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:38146931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr2:38146960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B114,B134
Chr2:38146962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B67,B95
Chr2:38146974 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 4 B132,B35,C49,C73
Chr2:38146974 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 4 B132,B35,C49,C73
Chr2:38146979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B32,B37,B6,C63
Chr2:38147086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B81
Chr2:38147147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr2:38147211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr2:38147301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:38147319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr2:38147348 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796248.1
194 aa
N
1
97
194
AP2
C
PF00847 AP2 22-71 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796248.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 22 71 1.4e-15 58.0 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940265.1
ACCTATGAAAATCTAGACTTGATCTGTAGAAGAAGAATTAATACCTAAAGCATAAATCAGTCACACAGACTACACTCAACCACTCGGGCGGCGCCACAATCCGTCCACGTCAAACACCTCGCTGACCGCGCCTCCCCACCACCACCACCCCACCCCCCTCTAACCGCCCCCTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATACTTCTCCCCCTTTCTCCTGCATTCCAATTTTCAAAAGTAGCACTCGAATTTGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012324
ATGGCGATGAAGGAGAAGCCAAGCGGCGGCGCAAGCGCCAAGGCTCCCGCCGTGAACGAGGTGCACTACAGGGGGGTGAGGAAGCGGCCGTGGGGCCGCTATGCTGCCGAGATCCGCGACCCCAACAAGAAGACACGCGTCTGGCTCGGCACCTTCGACACCGCCGAGGAGGCGGCGCACGCCTACGACGCCGCTGCCCGCGACTTCCGCGGCTCTAAGGCCAAGACCAACTTCCTCCTCCCCTCCGACGCCGCCTGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796248.1
MAMKEKPSGGASAKAPAVNEVHYRGVRKRPWGRYAAEIRDPNKKTRVWLGTFDTAEEAAHAYDAAARDFRGSKAKTNFLLPSDAACSPTASSTVDSHGADHAPVELDLTRRFGNALTPAEFRFLRQHPPVAVLPNGQQLFYIDRYMQHAVVAGAAPALQSDSDSASAVDENQVDRGDVARELNLDLNLAPPMPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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