Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002170`

染色体: Chr02 坐标: 38912981-38915528 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002170`
名称	SmilChr02G002170
描述	uncharacterized SmilChr02G002170
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38912981 - 38915528 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012357`
GeneID	`131012357`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012357`
原始查询	`LOC131012357`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CAAX amino terminal protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816602]; symbol=AT2G20725; hit=AT2G20725; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	CAAX amino terminal protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816602]; symbol=AT2G20725; hit=AT2G20725; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G20725` (AT2G20725) CAAX amino terminal protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816602] identity=43.7; qcov=0.895; evalue=2.35e-75; confidence=medium
Rice	`Os07g0457550` - identity=40.7; qcov=0.912; evalue=1.17e-60; confidence=medium
GO	GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071586 (CAAX-box protein processing)
KEGG	-
Pfam	PF02517 (Rce1-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012357

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057796265.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057796265.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796265.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796265.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796265.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38913124`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A15,B11,B3,B31,B45,B51,B73,B87,B99,C42,C60,C64,C66
`Chr2:38914644`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,C1,C15
`Chr2:38914696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr2:38914980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796265.1

294 aa

147

294

Rce1-like

PF02517 Rce1-like 198-286 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796265.1`	Pfam	`PF02517`	Rce1-like	Family	198	286	1.9e-20	73.7	Type II CAAX prenyl endopeptidase Rce1-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940282.1
TTGAAGATGAATACATCTCTGCTGCAGAGACCTCTGCTGTTCCAATTTCCGGTGAATTTCTGCACGGATTACGACATTACGATGCTGAAATGCAATTCTTTCAGCAAAAGATCTTCTTTCAGCTGTCGCTGCATCAAAAATGAGAAAAAATCAGAATCTCATCAGGGTTTCTCAGTTTTCACAACAGATCCTCATCCTCAACGTGATATTGGAAGTATATGGAGCTCTATGGGTTTTTATGTGTTCAGCATTCATGTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012357
ATGAATACATCTCTGCTGCAGAGACCTCTGCTGTTCCAATTTCCGGTGAATTTCTGCACGGATTACGACATTACGATGCTGAAATGCAATTCTTTCAGCAAAAGATCTTCTTTCAGCTGTCGCTGCATCAAAAATGAGAAAAAATCAGAATCTCATCAGGGTTTCTCAGTTTTCACAACAGATCCTCATCCTCAACGTGATATTGGAAGTATATGGAGCTCTATGGGTTTTTATGTGTTCAGCATTCATGTCCCATTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796265.1
MNTSLLQRPLLFQFPVNFCTDYDITMLKCNSFSKRSSFSCRCIKNEKKSESHQGFSVFTTDPHPQRDIGSIWSSMGFYVFSIHVPLSFGGLSAAAKLLHQPVLDPQTSAYLMLAIQTLEFSIVLLLLKYPSKPQYNLPDFFRANKSSKQRSWLLASVLGFGVLLSLVFITSYFTDRLIGPKDVNNPILKEIVTSGPSSATASVLAYCIVTPLLEEVIYRGFLMTSLASTMNWQLAVTISSVVFSASHFSSENFLQLLVVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器