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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002201`

染色体: Chr02 坐标: 39230773-39235012 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002201`
名称	SmilChr02G002201
描述	tyrosine--tRNA ligase 1, cytoplasmic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	39230773 - 39235012 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012381`
GeneID	`131012381`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012381`
原始查询	`LOC131012381`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tyrosine--tRNA ligase 1, cytoplasmic-like
产物	tyrosine--tRNA ligase 1%2C cytoplasmic-like
Arabidopsis	`AT2G33840` (AT2G33840) Tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib, bacterial/mitochondrial [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817952] identity=74.1; qcov=1; evalue=2.75e-154; confidence=high
Rice	`Os08g0150800` (P0443G08.126) - identity=73.2; qcov=0.993; evalue=1.07e-152; confidence=high
GO	GO:0004831 (tyrosine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006418 (tRNA aminoacylation for protein translation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00579 (tRNA-synt_1b)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012381

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057796292.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057796294.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057796294.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796292.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796292.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:39231693`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B82,B95,C60
`Chr2:39232360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr2:39232387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C47,C48,C5
`Chr2:39232629`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr2:39233090`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	197	A1,A10,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B101,B102,B103,B105,B106,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B131,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B70,B71,B72,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C18,C2,C21,C22,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C78,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D9
`Chr2:39233897`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	194	A1,A10,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B1,B101,B102,B103,B105,B106,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B128,B129,B131,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B71,B72,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C18,C2,C21,C22,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C78,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D9
`Chr2:39234062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B103,B13,B2
`Chr2:39234110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:39234133`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796292.1

302 aa

151

302

tRNA-synt_1b

PF00579 tRNA-synt_1b 8-248 aa

XP_057796293.1

297 aa

148

297

tRNA-synt_1b

PF00579 tRNA-synt_1b 8-243 aa

XP_057796294.1

274 aa

137

274

tRNA-synt_1b

PF00579 tRNA-synt_1b 8-248 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796292.1`	Pfam	`PF00579`	tRNA-synt_1b	Family	8	248	3.4e-45	155.3	tRNA synthetases class I (W and Y)
`XP_057796293.1`	Pfam	`PF00579`	tRNA-synt_1b	Family	8	243	1.5e-39	136.8	tRNA synthetases class I (W and Y)
`XP_057796294.1`	Pfam	`PF00579`	tRNA-synt_1b	Family	8	248	2.5e-45	155.8	tRNA synthetases class I (W and Y)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940310.1
ATAACAAAATTCAATTTAAGAGCCTTCTAACAAAAGAAAGAAGTTCTGTTTAACAGCCTCAATCTCCTCTTGCAGTGTTAAACCCTAACAAAATCTCAGTTACAAATTCGCAATTTCGTTGCTCCTCACAAATATCTCAAAGCTTCTACAATGGAAAACGAAGGAAGCAGCAACAACAGCAATGAAGTCCCGCCATCTCATCTTCTACAGTCTGTCTCCCTTTCACCTCAACCGCAGATGAGTTTGAAGGAGAGGTTCGA...

XM_057940311.1
ATAACAAAATTCAATTTAAGAGCCTTCTAACAAAAGAAAGAAGTTCTGTTTAACAGCCTCAATCTCCTCTTGCAGTGTTAAACCCTAACAAAATCTCAGTTACAAATTCGCAATTTCGTTGCTCCTCACAAATATCTCAAAGCTTCTACAATGGAAAACGAAGGAAGCAGCAACAACAGCAATGAAGTCCCGCCATCTCATCTTCTACAGTCTGTCTCCCTTTCACCTCAACCGCAGATGAGTTTGAAGGAGAGGTTCGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131012381
ATGAACAAGAAAATGGGAGGTGACTTGAATAAAATTCAAGTGACAGGGAAATACATGATTGAGATTTGGAAAGCTTTAGGAATGAACACTGAAGGAGATCAGGTACAATTTCTGTGGTCTTCTGATGAGATCAACTCCCGGGGTCACGAGTACTGGCCCCTCGTAGAAGACATAGCCATAAAAAACACGCTTTCTAGGATTGTGAGGTGCGGTCAAATTATGGGCCGCTCAGAGCAAGATGAATTGTCAGCAGCCCAAAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057796292.1
MNKKMGGDLNKIQVTGKYMIEIWKALGMNTEGDQVQFLWSSDEINSRGHEYWPLVEDIAIKNTLSRIVRCGQIMGRSEQDELSAAQIFYPCMQCADIFFLKADICQMGMDQRKVNMLAREYCDAIKRKNKPIILSHHMLPGLLEGQEKISKSDPSSSIFMEDEEADVKLKIKKAFCPPKVVEKNPCLEYIKYIVIPWFNEFTVERKPENGGDKTFKSFEDLVVDYESGELHSGDLKPALAKAVNQLLQPVRDHFNNDPKA...

XP_057796293.1
MNKKMGGDLNKIQVTGKYMIEIWKALGMNTEGDQVQFLWSSDEINSRGHEYWPLVEDIAIKNTLSRIVRCGQIMGRSEQDELSAAQIFYPCMQCADIFFLKMGMDQRKVNMLAREYCDAIKRKNKPIILSHHMLPGLLEGQEKISKSDPSSSIFMEDEEADVKLKIKKAFCPPKVVEKNPCLEYIKYIVIPWFNEFTVERKPENGGDKTFKSFEDLVVDYESGELHSGDLKPALAKAVNQLLQPVRDHFNNDPKAKELLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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