Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002218

染色体: Chr02 坐标: 39421720-39425988 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002218
名称SmilChr02G002218
描述uncharacterized SmilChr02G002218
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39421720 - 39425988 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012396
GeneID131012396
locus_tag-
NCBI NameLOC131012396
原始查询LOC131012396

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0660200; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0660200; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G11390 (AT1G11390)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837681]
identity=63.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0660200
-
identity=66.8; qcov=0.927; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03109 (ABC1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012396

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796333.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057796333.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057796333.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057796333.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057796333.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39423053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:39423087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A13,B117,C27,C83
Chr2:39424587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr2:39424847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A13,B117,C27,C83
Chr2:39424909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:39424976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:39424983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr2:39425147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B93,C15,C53
Chr2:39425173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:39425181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796333.1
628 aa
N
1
314
628
ABC1
C
PF03109 ABC1 252-518 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796333.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 252 518 3.7e-49 167.8 ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940350.1
AAAAAAAAAAAACAATACATTTGAGAGATCGAACCGGACCGAGCCGGAGCTACACAGAACCCGGTTTCGTTCATCTTCTTAAGATTTTTAACAAATTGTTCGCCGCCTTAGCTTAGGTTTTATTGAATGAATGCACCAACTTTCATCTTCTTACATTCTGCCCAGAATTTCTGTTTCAATCCAAGCTGTTAAAACACGATAATCGTTTCACGTTCTTTGTAGTTTGTTGCTGGATTTTTTGGAGGAGAGATCAGCAACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012396
ATGTCGAGATTGTTGACAGTTGGAAACATTAGGAGATCTTTGCGGACAAGACGAGCTAGTATCTCTTCGGAAGAGGTGAAATATGGATCCATTGTTCGAGCAGGGTTGTGTACTCCTCAATATAGATTGTTCTCACAGTATTTGTTGCCTAAAGCAGAGCATGCCCCAAATGCAGCATATAAAAGGGGAAAAGTTTTCTGCAATAGTTGCATCAGGAAATACACTTCCGTTGCTTCTAGCGGTTCTGTAGCCTATAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796333.1
MSRLLTVGNIRRSLRTRRASISSEEVKYGSIVRAGLCTPQYRLFSQYLLPKAEHAPNAAYKRGKVFCNSCIRKYTSVASSGSVAYNAQIAWKRLAKASALDGRKTHLTINRIAQAVSLGLSRSYMVVPGIFTMMCGSQMAFAYAVPETDVFPPRNSLYTHAEDSHLFLTRLVISIFESLILSLRALYLSFLFAPSIAMAPFADSFGPEFRKLWLRVVHRTLERAGPAFIKWGQWAATRPDLFPRDLCIELSKLHTKAPEH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器