当前解析结果
SmilChr01G005303| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005303 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005303 |
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 70305549 - 70306130 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012414 |
|---|---|
| GeneID | 131012414 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012414 |
| 原始查询 | LOC131012414 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 21-like |
| 产物 | dirigent protein 21-like |
| Arabidopsis | AT1G65870 (AT1G65870)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842898] identity=48.2; qcov=0.741; evalue=7.48e-40; confidence=medium |
| Rice | Os12g0174700- identity=44.5; qcov=0.756; evalue=1.06e-36; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012414 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057796350.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057796350.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796350.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796350.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796350.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:70305624 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | B107,B120,B24,B33,B34,B46,C21,C29,C45,C56,C71,D8 |
Chr1:70305738 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C49,C7 |
Chr1:70305773 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B139,D11 |
Chr1:70305974 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:70306007 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B50,D11 |
Chr1:70306106 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,C2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796350.1PF03018
Dirigent 44-186 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796350.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 44 | 186 | 5e-44 | 150.3 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。