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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002243

染色体: Chr02 坐标: 39811947-39814068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002243
名称SmilChr02G002243
描述uncharacterized SmilChr02G002243
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39811947 - 39814068 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012421
GeneID131012421
locus_tag-
NCBI NameLOC131012421
原始查询LOC131012421

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cotton fiber (DUF761) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842420]; symbol=AT1G61260; hit=AT1G61260; species=arabidopsis; confidence=low
产物cotton fiber (DUF761) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842420]; symbol=AT1G61260; hit=AT1G61260; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G61260 (AT1G61260)
cotton fiber (DUF761) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842420]
identity=25.9; qcov=1.07; evalue=6.52e-20; confidence=low
RiceOs07g0563400 (OJ1720_F04.106)
-
identity=45.2; qcov=0.187; evalue=3.04e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF05553 (DUF761); PF14364 (DUF4408)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796357.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057796357.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057796358.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796357.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796357.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39812271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:39812326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr2:39812880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:39813525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C5,C72
Chr2:39813657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:39813759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:39813796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:39813843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:39813856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C63
Chr2:39813922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B30,C37,C58
Chr2:39814012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796357.1
342 aa
N
1
171
342
DUF4408
DUF761
C
PF14364 DUF4408 29-61 aa PF05553 DUF761 306-335 aa
XP_057796358.1
333 aa
N
1
166
333
DUF4408
DUF761
C
PF14364 DUF4408 29-61 aa PF05553 DUF761 297-326 aa
XP_057796359.1
332 aa
N
1
166
332
DUF4408
DUF761
C
PF14364 DUF4408 29-61 aa PF05553 DUF761 296-325 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796357.1 Pfam PF14364 DUF4408 Family 29 61 1.1e-10 41.8 Domain of unknown function (DUF4408)
XP_057796357.1 Pfam PF05553 DUF761 Family 306 335 2e-07 31.2 Cotton fibre expressed protein
XP_057796358.1 Pfam PF14364 DUF4408 Family 29 61 1e-10 41.9 Domain of unknown function (DUF4408)
XP_057796358.1 Pfam PF05553 DUF761 Family 297 326 1.9e-07 31.2 Cotton fibre expressed protein
XP_057796359.1 Pfam PF14364 DUF4408 Family 29 61 1e-10 41.9 Domain of unknown function (DUF4408)
XP_057796359.1 Pfam PF05553 DUF761 Family 296 325 1.9e-07 31.2 Cotton fibre expressed protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940376.1
GCATCTACACTCAGAAATTTGCATTCAATGAAATCGATGAATAGCATGATTTTGGTGGTTTTAGTTTCAGCTGGGGCTATAATTTCCTTAGCTATGGCAATGAACGAAATTCCAGCGATATGGTCGCTCATTCTGCCATGGCTGAGGCCGCCGTATCTGCATATCGTAATCAACGGCATCATCATAGCCATCGCCGTCGCGTCGCGCTTCCGCCGGATCCAGCCGGCGCCGCCGGTTCGATCGCAGCATCTGATTTCTGT...
XM_057940375.1
GCATCTACACTCAGAAATTTGCATTCAATGAAATCGATGAATAGCATGATTTTGGTGGTTTTAGTTTCAGCTGGGGCTATAATTTCCTTAGCTATGGCAATGAACGAAATTCCAGCGATATGGTCGCTCATTCTGCCATGGCTGAGGCCGCCGTATCTGCATATCGTAATCAACGGCATCATCATAGCCATCGCCGTCGCGTCGCGCTTCCGCCGGATCCAGCCGGCGCCGCCGGTTCGATCGCAGCATCTGATTTCTGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131012421
ATGAAATCGATGAATAGCATGATTTTGGTGGTTTTAGTTTCAGCTGGGGCTATAATTTCCTTAGCTATGGCAATGAACGAAATTCCAGCGATATGGTCGCTCATTCTGCCATGGCTGAGGCCGCCGTATCTGCATATCGTAATCAACGGCATCATCATAGCCATCGCCGTCGCGTCGCGCTTCCGCCGGATCCAGCCGGCGCCGCCGGTTCGATCGCAGCATCTGATTTCTGTTAAAACTCCTCCGCCGGCGTATTATGT...
LOC131012421
ATGAAATCGATGAATAGCATGATTTTGGTGGTTTTAGTTTCAGCTGGGGCTATAATTTCCTTAGCTATGGCAATGAACGAAATTCCAGCGATATGGTCGCTCATTCTGCCATGGCTGAGGCCGCCGTATCTGCATATCGTAATCAACGGCATCATCATAGCCATCGCCGTCGCGTCGCGCTTCCGCCGGATCCAGCCGGCGCCGCCGGTTCGATCGCAGCATCTGATTTCTGTTAAAACTCCTCCGCCGGCGTATTATGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057796357.1
MKSMNSMILVVLVSAGAIISLAMAMNEIPAIWSLILPWLRPPYLHIVINGIIIAIAVASRFRRIQPAPPVRSQHLISVKTPPPAYYVAYSPPPEVRDVVEVPEAAAVYEREDRVVELKPVMVNGLEVGADAEEKIVVGDEGQDDALDLDGSTLTYNIPSPEIFSPEFRSDFFPPVDPTGNVAEREQASSRAIQEEVRHRGARRKSKSFKERSIRNESRPSQRKLNRLVEASKDWPLTRNSLSPQNKIGNIYPKKSNSSDE...
XP_057796358.1
MKSMNSMILVVLVSAGAIISLAMAMNEIPAIWSLILPWLRPPYLHIVINGIIIAIAVASRFRRIQPAPPVRSQHLISVKTPPPAYYVAYSPPPEVRDVVEVPEAAAVYEREDRVVELKPVMVNGLEVGADAEEKIVVGDEGQDDALDLDGSTLTYNIPSPEIFSPEFRSDFFPPVDPTGNVAEREQASSRAIQEEVRHRGARRKSKSFKERSIRNESRPSQRKLNRLVEASKDWPLTRNSLSPQNKIGNIYPTGGVRETA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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