Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001764

染色体: Chr02 坐标: 32375706-32377534 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001764
名称SmilChr02G001764
描述uncharacterized SmilChr02G001764
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向32375706 - 32377534 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012435
GeneID131012435
locus_tag-
NCBI NameLOC131012435
原始查询LOC131012435

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820741]; symbol=AT3G15110; hit=AT3G15110; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820741]; symbol=AT3G15110; hit=AT3G15110; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G15110 (AT3G15110)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820741]
identity=46.5; qcov=0.654; evalue=1.77e-43; confidence=medium
RiceOs02g0307800
-
identity=43.8; qcov=0.735; evalue=5.37e-31; confidence=medium
GOGO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane)
KEGG-
PfamPF11282 (DUF3082)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012435

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057796369.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057796369.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057796369.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057796369.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796369.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:32376053 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 115 A10,A14,A15,A18,A2,A20,A22,A24,A4,A5,A7,A9,B1,B106,B107,B108,B109,B110,B112,B115,B117,B118,B12,B122,B123,B126,B127,B131,B133,B136,B137,B138,B14,B140,B18,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B41,B45,B47,B48,B51,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B65,B67,B7,B70,B72,B77,B78,B79,B83,B84,B88,B89,B90,B92,B94,B95,B96,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C23,C26,C28,C3,C30,C34,C36,C39,C4,C40,C42,C43,C45,C5,C51,C53,C54,C56,C61,C63,C64,C65,C66,C73,C77,C82,C86,D1,D10,D2,D4,D7,D9
Chr2:32376061 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 18 A5,B120,B135,B137,B16,B32,B66,B75,B76,B91,B94,C34,C56,C60,C81,C86,D11,D6
Chr2:32376114 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 84 A11,A19,A24,A25,B1,B105,B106,B107,B108,B110,B111,B112,B117,B122,B124,B125,B128,B129,B13,B131,B134,B14,B17,B21,B22,B29,B33,B35,B41,B42,B43,B45,B47,B49,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B64,B66,B69,B72,B73,B74,B75,B78,B79,B80,B81,B9,B91,B93,B95,B97,C11,C15,C18,C20,C22,C23,C25,C29,C31,C34,C4,C40,C41,C46,C47,C52,C61,C63,C67,C69,C71,C77,C81,C82,C87,D2,D9
Chr2:32376117 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 73 A11,A19,A24,A25,B1,B105,B106,B107,B108,B111,B112,B117,B122,B124,B125,B128,B129,B13,B131,B134,B14,B17,B21,B22,B29,B35,B42,B43,B45,B47,B49,B55,B57,B58,B6,B60,B64,B66,B69,B72,B73,B74,B79,B80,B81,B9,B91,B95,B97,C11,C15,C20,C22,C23,C25,C29,C31,C34,C4,C40,C46,C47,C52,C63,C67,C69,C71,C77,C81,C82,C87,D2,D9
Chr2:32376196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr2:32376323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:32377137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B103,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796369.1
283 aa
N
1
142
283
DUF3082
C
PF11282 DUF3082 176-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796369.1 Pfam PF11282 DUF3082 Family 176 250 1.9e-27 96.0 Protein of unknown function (DUF3082)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940386.1
TTAAAAGAAAACATCATAGAAAATATCTTGTTTTGGTTTAAATGTCCCAAATTATAACATAAGTGGGTCTTTGTATAATTATTTACAAAAAGAGGTTATTTTTTGAATTTTTAAGAATTAAGTTGTGTCAAATTTGGACAACAACGAAAGTTAGTGTATTAAAATGTAAAATCCTAACTTCGCGTCAAATATGGATTTTTTGCAATGTTTGTGTATTTTCACGCAATTATCCCTATAATAAAATAAATAGTCTAGAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012435
ATGTTGTCTTCTCTTTTGATATTTTCAAGCTTGTCTCAATTCTTTCAAAAAAATAAAAAAATCTTGACTGGATATGTTGCAGTAGTAGTGGTGACTGGTGTGCAACACCCAAAAATGATGCAATCTCAACAACGGCATCTCCTCCGCCTCTCCTCCGCCAACTTTCTCTTTCCCTCACCTCCACCACCGTTTACCCACCACCTCTATTTTCCCGGCAGACCTACCAACCCTTATCCTCTCTGCTCTGCCCACAACGCATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796369.1
MLSSLLIFSSLSQFFQKNKKILTGYVAVVVVTGVQHPKMMQSQQRHLLRLSSANFLFPSPPPPFTHHLYFPGRPTNPYPLCSAHNAWVAQLISSQPPPELPIQLPPSVSSLLSASNDSSFQTAASFLITGAFTLFLFRTLRRGAKRAKERRLRSSALETSALKVKGKKRKRPPSADETLLGALIAAAFGILLYKFTTSVEYTLNNQPLSPNYSVRQITITIRTIINGMCYLATFVFGFNSLGLFLYSGQLAMNSFVRVSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器