Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001767`

染色体: Chr02 坐标: 32409130-32411706 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001767`
名称	SmilChr02G001767
描述	ubiquitin domain-containing protein DSK2a-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	32409130 - 32411706 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012437`
GeneID	`131012437`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012437`
原始查询	`LOC131012437`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin domain-containing protein DSK2a-like
产物	ubiquitin domain-containing protein DSK2a-like
Arabidopsis	`AT2G17190` (AT2G17190) ubiquitin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816224] identity=30.6; qcov=0.554; evalue=4.33e-23; confidence=low
Rice	`Os10g0542200` (OSJNBb0015I11.23) - identity=27.3; qcov=1.31; evalue=5.41e-43; confidence=low
GO	GO:0005829 (cytosol); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0031593 (polyubiquitin modification-dependent protein binding)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00240 (ubiquitin); PF11976 (Rad60-SLD); PF23195 (UBQLN1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012437

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796376.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057796376.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057796376.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057796376.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796376.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:32409510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,C24,C50
`Chr2:32410591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B42,B43,C43,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796376.1

413 aa

206

413

Rad60-SLD

ubiquitin

UBQLN1

PF11976 Rad60-SLD 33-98 aa PF00240 ubiquitin 36-102 aa PF23195 UBQLN1 247-323 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796376.1`	Pfam	`PF11976`	Rad60-SLD	Family	33	98	5.3e-06	26.9	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057796376.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	36	102	1.6e-16	60.5	Ubiquitin family
`XP_057796376.1`	Pfam	`PF23195`	UBQLN1	Domain	247	323	6.1e-15	55.8	Ubiquilin-1-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940393.1
AGTAATGCTCACAATTGCAGCGCGCGGGAATTCAGTTAGAGAGAGCAGAATCAAAATAGTGAAGAATCGAGTGAGGATAGATAGGGCTCTGCATTTCTCGGAAGATCGATCACCCATCTTTGATTTTCCAAATGTCTGATCCAGATGATACAATCACTACCGGAATCAGCGCCCTCAGTATCGCTGATGACGGCGCTGCTTCCAGCGACGGCGGCGGAGAAGAGACGAGGCTGTACATCCGCGCGCCGCACGGCTTGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012437
ATGTCTGATCCAGATGATACAATCACTACCGGAATCAGCGCCCTCAGTATCGCTGATGACGGCGCTGCTTCCAGCGACGGCGGCGGAGAAGAGACGAGGCTGTACATCCGCGCGCCGCACGGCTTGAGATTCCACGTCCACGCCAACTTGAATTCAACTGTTAGGGATTTCAAGAAAATCATTGGTGAGAAATGCGATATTCCACCCCGGCGGCAGCGTCTCATCCACAAAGGCCGCTTATTGAAAGACGATCAAACCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796376.1
MSDPDDTITTGISALSIADDGAASSDGGGEETRLYIRAPHGLRFHVHANLNSTVRDFKKIIGEKCDIPPRRQRLIHKGRLLKDDQTLTNYGVKGDHTIYLIRSSAIATDASTSTDDGSNRPPFGPSFFPELAEMRDTILNNPLMRALLNRYLPLRLRLNDPATLYWLMNGVHYPEIVPEMVRMCDQVYYSLTQNMTNSPAPNPSPSTATPAPNLSASTATGSTRRLDSVAFGDLNFVELERMMYYLTDPETSNEMMEVPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器