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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000005

染色体: Chr02 坐标: 34537-39247 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000005
名称SmilChr02G000005
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向34537 - 39247 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012444
GeneID131012444
locus_tag-
NCBI NameLOC131012444
原始查询LOC131012444

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.9; qcov=1.06; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012444

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796383.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796383.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796383.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796383.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:35643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:35890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D3
Chr2:35896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,C8
Chr2:35908 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 25 A20,A25,B105,B121,B123,B128,B24,B3,B54,B6,B65,B7,B88,B96,C10,C38,C40,C51,C52,C57,C76,C77,C80,C82,D8
Chr2:35928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:35999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr2:36114 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A20,B102,B130,B58,C36,C40,C52,C85
Chr2:36126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr2:36150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,D10
Chr2:36222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr2:36224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:36253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,B81,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796383.1
1158 aa
N
1
579
1158
LRRNT_2
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF23598 LRR_14 82-279 aa PF13855 LRR_8 131-185 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF13855 LRR_8 198-258 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF00560 LRR_1 295-317 aa PF00560 LRR_1 369-390 aa PF23598 LRR_14 385-577 aa PF00560 LRR_1 393-413 aa PF00560 LRR_1 442-463 aa PF13855 LRR_8 442-500 aa PF00560 LRR_1 465-487 aa PF00560 LRR_1 614-634 aa PF00560 LRR_1 663-684 aa PF13855 LRR_8 710-769 aa PF00560 LRR_1 734-755 aa PF00069 Pkinase 877-1146 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 880-1149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796383.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 6.1e-10 39.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057796383.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 82 279 3.6e-45 155.0 Leucine-rich repeat region
XP_057796383.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 131 185 7.4e-51 170.5 Leucine rich repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 198 258 7.4e-51 170.5 Leucine rich repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 317 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 369 390 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 385 577 3.6e-45 155.0 Leucine-rich repeat region
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 393 413 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 442 463 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 442 500 7.4e-51 170.5 Leucine rich repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 465 487 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 614 634 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 663 684 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 710 769 7.4e-51 170.5 Leucine rich repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 734 755 5.9e-56 175.0 Leucine Rich Repeat
XP_057796383.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 877 1146 4.7e-40 138.3 Protein kinase domain
XP_057796383.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 880 1149 1.3e-39 136.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940400.1
AATTTGTAGCCATGGAGATAAAATTTCACTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTTCCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTGTGTAGCCAAACAACCTACAAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCATCTCCGACCCTTCTCGCATACTTGCAACGAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCCTTGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012444
ATGGAGATAAAATTTCACTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTTCCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTGTGTAGCCAAACAACCTACAAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCATCTCCGACCCTTCTCGCATACTTGCAACGAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796383.1
MEIKFHCIFAYAFLISISFQMLSCVAKQPTSLATDQTALLSLKQHIISDPSRILATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHQRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLIYLNLKSNLFHGDLPQELSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMFGQLPKLEYLNLRNNSFTGSIPKSLSNLTNLQFLSLSSNSLSGEIPKEFARLQSLKNLYVEFNRLSGAIPSAIFNISSLVAIDLTGNELSGSLPTDMCSKLPSLTGIHLSKNQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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