Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000048`

染色体: Chr02 坐标: 650513-656626 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000048`
名称	SmilChr02G000048
描述	callose synthase 12-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	650513 - 656626 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012457`
GeneID	`131012457`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012457`
原始查询	`LOC131012457`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	callose synthase 12-like
产物	callose synthase 12-like
Arabidopsis	`AT4G03550` (GSL05) glucan synthase-like 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825650] identity=73.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0754200` (OsGSL3) - identity=64.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000148 (1,3-beta-D-glucan synthase complex); GO:0003843 (1,3-beta-D-glucan synthase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006075 ((1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF02364 (Glucan_synthase); PF14288 (FKS1_dom1); PF25968 (CALS1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012457

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057796393.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796393.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796393.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796393.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796393.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:650841`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B108,B64
`Chr2:650885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B64
`Chr2:650936`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr2:651069`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D5
`Chr2:651069`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D5
`Chr2:651128`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:651581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796393.1

1769 aa

884

1769

FKS1_dom1

CALS1

Glucan_synthase

PF14288 FKS1_dom1 147-259 aa PF25968 CALS1 681-863 aa PF02364 Glucan_synthase 871-1667 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796393.1`	Pfam	`PF14288`	FKS1_dom1	Family	147	259	2.5e-45	154.1	1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1
`XP_057796393.1`	Pfam	`PF25968`	CALS1	Domain	681	863	1.5e-28	100.5	Callose synthase 1 domain
`XP_057796393.1`	Pfam	`PF02364`	Glucan_synthase	Family	871	1667	4.1e-264	879.4	1,3-beta-glucan synthase component

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940410.1
TCTACGTCCAACTACGGAAGCATGAGGTACCACCAAAATCGATGTCCAAACCCATCTCTTTCTCTCACTGAAATGGCGTAAATTTCCATCCGCCATTACCATTTGAATACCTCAGCCCTCTCAAATCACCACTCCGCCATCCAAAACAGCCAAATCTAAACCCCTCCGCCACCACCACCGCCGCCGCCACCACTGCCGCCATCACCGCGGCGGCCGCGGCTCAGACCTTCAATTTCCTCACAGGAATCACCCCAAACGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012457
ATGAATCAGAGCGTCGACGACGAAGACGTTTACAACATCATACCTGTCCACAACCTCCTCGCCGACCACCCCTCCCTCCGCTTCCCCGAGGTCCGCGCGGCGGCCGCCGCCCTCCGCTCCGTCGGCGACCTCCGCCGCCCGCCTTTCGCGCCATGGAAGCCCCACTACGACCTCCTCGACTGGCTCGCCCTGTTCTTCGGGTTCCAGGCCTCCAGCGTGAGGAACCAGAGGGAGCATCTCGTGCTCCACCTCTCCAACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796393.1
MNQSVDDEDVYNIIPVHNLLADHPSLRFPEVRAAAAALRSVGDLRRPPFAPWKPHYDLLDWLALFFGFQASSVRNQREHLVLHLSNAQMRLSPPPDNIDTLDPAVLRRFRRSLLRNYSNWCSYLNLKSNIWLSDSHSRHVASDHRRELLYVSLYLLIWGESANLRFVPECICYIFHNMAMELNKILEDYIDENTGRPFLPSVSGENAYLNKIVRPIYDTIKAEVENSKNGTAAHSAWRNYDDINEYFWSKRCFEKLKWPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器