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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000081

染色体: Chr02 坐标: 1058039-1073592 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000081
名称SmilChr02G000081
描述dihydroorotase, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1058039 - 1073592 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012472
GeneID131012472
locus_tag-
NCBI NameLOC131012472
原始查询LOC131012472

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dihydroorotase, mitochondrial-like
产物dihydroorotase%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G22930 (PYR4)
pyrimidin 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828392]
identity=78.7; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0747500 (PYRC)
-
identity=76.4; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004151 (dihydroorotase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006207 ('de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process); GO:0006221 (pyrimidine nucleotide biosynthetic process); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
PfamPF00872 (Transposase_mut); PF01979 (Amidohydro_1); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012472

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796413.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796415.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796415.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796413.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796413.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1059817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:1059881 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B114,B48,B77,C46
Chr2:1059881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B48,B77,C46
Chr2:1059892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,D11
Chr2:1059904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,D11
Chr2:1059912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B60,C52
Chr2:1059914 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 28 A3,A6,B132,B14,B20,B23,B3,B32,B41,B81,B82,C1,C29,C3,C38,C42,C58,C59,C62,C64,C65,C68,C70,C78,C87,D1,D5,D7
Chr2:1059919 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 27 A3,A6,B132,B20,B23,B3,B32,B41,B81,B82,C1,C29,C3,C38,C42,C58,C59,C62,C64,C65,C68,C70,C78,C87,D1,D5,D7
Chr2:1059932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr2:1059957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,C46,D11
Chr2:1059970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C16
Chr2:1059972 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 31 A24,A7,A8,A9,B113,B123,B28,B29,B38,B39,B46,B60,B73,B76,C1,C12,C14,C17,C25,C27,C30,C43,C5,C52,C59,C61,C7,C75,C76,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796413.1
562 aa
N
1
281
562
DBD_Tnp_Mut
MULE
Transposase_mut
C
PF03108 DBD_Tnp_Mut 264-321 aa PF10551 MULE 463-558 aa PF00872 Transposase_mut 480-559 aa
XP_057796414.1
562 aa
N
1
281
562
DBD_Tnp_Mut
MULE
Transposase_mut
C
PF03108 DBD_Tnp_Mut 264-321 aa PF10551 MULE 463-558 aa PF00872 Transposase_mut 480-559 aa
XP_057796415.1
389 aa
N
1
194
389
Amidohydro_1
C
PF01979 Amidohydro_1 53-354 aa
XP_057796416.1
389 aa
N
1
194
389
Amidohydro_1
C
PF01979 Amidohydro_1 53-354 aa
XP_057796417.1
389 aa
N
1
194
389
Amidohydro_1
C
PF01979 Amidohydro_1 53-354 aa
XP_057796418.1
389 aa
N
1
194
389
Amidohydro_1
C
PF01979 Amidohydro_1 53-354 aa
XP_057796419.1
371 aa
N
1
186
371
Amidohydro_1
C
PF01979 Amidohydro_1 35-336 aa
XP_057796420.1
346 aa
N
1
173
346
Amidohydro_1
C
PF01979 Amidohydro_1 10-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796413.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 264 321 1.7e-10 41.1 MuDR family transposase
XP_057796413.1 Pfam PF10551 MULE Domain 463 558 4.1e-18 66.3 MULE transposase domain
XP_057796413.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 480 559 7.9e-07 29.0 Transposase, Mutator family
XP_057796414.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 264 321 1.7e-10 41.1 MuDR family transposase
XP_057796414.1 Pfam PF10551 MULE Domain 463 558 4.1e-18 66.3 MULE transposase domain
XP_057796414.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 480 559 7.9e-07 29.0 Transposase, Mutator family
XP_057796415.1 Pfam PF01979 Amidohydro_1 Domain 53 354 5e-23 82.6 Amidohydrolase family
XP_057796416.1 Pfam PF01979 Amidohydro_1 Domain 53 354 5e-23 82.6 Amidohydrolase family
XP_057796417.1 Pfam PF01979 Amidohydro_1 Domain 53 354 5e-23 82.6 Amidohydrolase family
XP_057796418.1 Pfam PF01979 Amidohydro_1 Domain 53 354 5e-23 82.6 Amidohydrolase family
XP_057796419.1 Pfam PF01979 Amidohydro_1 Domain 35 336 4.2e-23 82.8 Amidohydrolase family
XP_057796420.1 Pfam PF01979 Amidohydro_1 Domain 10 311 3.4e-23 83.2 Amidohydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940431.1
CTACGACTCTTCATAATCGAGGATTGTAGCATGTTTTGCCTACTATTTATAATCACAAAACTTTTTTAACCGTGAAATAATGCTAATTCACATGAATTAAGGATAAAATAGTACTTTAAGGGGGCGTTTACTGTACATGACTGAATGGTGGGATTTAAATTTAATGTATGGAATAGGAATCCAAACTCTTACATCATTGGTATCTTGCAGATTCTGTCCATGGGCTGAGCTGCAACACTGACACACATATAAAATTAATT...
XM_057940430.1
CTACGACTCTTCATAATCGAGGATTGTAGCATGTTTTGCCTACTATTTATAATCACAAAACTTTTTTAACCGTGAAATAATGCTAATTCACATGAATTAAGGATAAAATAGTACTTTAAGGGGGCGTTTACTGTACATGACTGAATGGTGGGATTTAAATTTAATGTATGGAATAGGAATCCAAACTCTTACATCATTGGTATCTTGCAGATTCTGTCCATGGGCTGAGCTGCAACACTGACACACATATAAAATTAATT...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131012472
ATGGAAAATCCTATGGTCACCTTTGTGCTCAATCTTTTTGGTGTTTGGTCTAAAGTTGAAAATAGTGGTGAAATCAAATATGATTGTTACGATTCCTCTGAAATACAAGACAACTTAGGCAATATGACTTTTGAGCGAATAATGTCTGAGTTTGAGTCATCTGAGTCTTGCTTCATGTCTAAACCTAGGGCAGTTTATGCGTATGATGATGATTACAGATTAGATAAAGGCCTAATTCTCATTAGGGATCAAAGGCATTG...
LOC131012472
ATGGAAAATCCTATGGTCACCTTTGTGCTCAATCTTTTTGGTGTTTGGTCTAAAGTTGAAAATAGTGGTGAAATCAAATATGATTGTTACGATTCCTCTGAAATACAAGACAACTTAGGCAATATGACTTTTGAGCGAATAATGTCTGAGTTTGAGTCATCTGAGTCTTGCTTCATGTCTAAACCTAGGGCAGTTTATGCGTATGATGATGATTACAGATTAGATAAAGGCCTAATTCTCATTAGGGATCAAAGGCATTG...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057796413.1
MENPMVTFVLNLFGVWSKVENSGEIKYDCYDSSEIQDNLGNMTFERIMSEFESSESCFMSKPRAVYAYDDDYRLDKGLILIRDQRHCAKVLDYLEILGQGEIQFFADFEKIPMPSFTPLSLFTEEELDTLYGTGPEGLKQTKDGVDLGASGTDTTVGDRVLDSLVIDNEGRDNDRDECRDEGRDNDRDERVISDEVRDEAVDMEAEVDESDSEIEEGRDNDIDEGVISDDDSSVYSAHLSESEVDEQEVEQVMATVEDGE...
XP_057796414.1
MENPMVTFVLNLFGVWSKVENSGEIKYDCYDSSEIQDNLGNMTFERIMSEFESSESCFMSKPRAVYAYDDDYRLDKGLILIRDQRHCAKVLDYLEILGQGEIQFFADFEKIPMPSFTPLSLFTEEELDTLYGTGPEGLKQTKDGVDLGASGTDTTVGDRVLDSLVIDNEGRDNDRDECRDEGRDNDRDERVISDEVRDEAVDMEAEVDESDSEIEEGRDNDIDEGVISDDDSSVYSAHLSESEVDEQEVEQVMATVEDGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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