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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005314`

染色体: Chr01 坐标: 70392116-70393175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005314`
名称	SmilChr01G005314
描述	uncharacterized SmilChr01G005314
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70392116 - 70393175 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012473`
GeneID	`131012473`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012473`
原始查询	`LOC131012473`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717339]; symbol=AT1G48720; hit=AT1G48720; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717339]; symbol=AT1G48720; hit=AT1G48720; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G48720` (AT1G48720) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717339] identity=67; qcov=0.324; evalue=1.68e-40; confidence=low
Rice	`Os08g0125300` - identity=30.1; qcov=0.708; evalue=5.18e-27; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13961 (DUF4219); PF14223 (Retrotran_gag_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012473

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057796421.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057796421.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057796421.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796421.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796421.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70392219`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr1:70392225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr1:70392228`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B79,D9
`Chr1:70392273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B79,C63,D9
`Chr1:70392302`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr1:70392312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B41
`Chr1:70392371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:70392499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B103,B85
`Chr1:70392508`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C19
`Chr1:70392508`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C19
`Chr1:70392566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr1:70392612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B119

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796421.1

281 aa

140

281

DUF4219

Retrotran_gag_2

PF13961 DUF4219 12-38 aa PF14223 Retrotran_gag_2 24-205 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796421.1`	Pfam	`PF13961`	DUF4219	Domain	12	38	2.7e-10	40.4	Domain of unknown function (DUF4219)
`XP_057796421.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	24	205	1.1e-34	120.4	gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940438.1
GTGAGTTTGTATAATAAAAAACCCACAAGTCCACCTATACGTCCACTTACCCCATTCACATAAATAGTTTCATCACTATTTTCTTTTTTTCTAACACACACGTCCTCTCACACACTACACATTTATTCTCTATCCTCCAAATTTAGCCAAATTTTCCTTTATATATTTCTTAAATTCCAACAAAGTGGTATCAGAGCCACAAGATTCTACTTGTGGTATGGCGAATTTACAATCGTTTCAAGTCCCCATGCTCAACAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012473
ATGGCGAATTTACAATCGTTTCAAGTCCCCATGCTCAACAAGAGCAACTTCGACAATTGGAGCATCAAGATGAAGGCGCTATTGGGAGCCCACGACGTTTGGGAGATCGTGGAGAACGGCTACGAGGAGCCGCAGGACGAGGCCGCACTATCCCAACAACAAAAGGATAGATTGCGAGACGCGAGAAAGAGAGACAAGAAGGCTCTCTGTCTTATTTATCAGGCGCTAGGGGACGACGATTTCGAGAAAATCTCAAACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796421.1
MANLQSFQVPMLNKSNFDNWSIKMKALLGAHDVWEIVENGYEEPQDEAALSQQQKDRLRDARKRDKKALCLIYQALGDDDFEKISNANTAKEAWEKLQNACKGAEQVKKVRLQTLRGEFESLHMKESESISDYFSRVLAVSNQMKRNGEKLEDVRIMEKILRSLTPKFEHIVVTIEETKNLEEMTIDLLLGSLQAYEEKQKKKQEISEQLLKLQVSPKEKEEGPSNGHGQFGRGRDQGQDRARGRGRGRGRGRGQRGFVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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