当前解析结果
SmilChr02G000068| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000068 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000068 |
| 描述 | probable polyol transporter 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 871668 - 875068 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012476 |
|---|---|
| GeneID | 131012476 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012476 |
| 原始查询 | LOC131012476 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable polyol transporter 4 |
| 产物 | probable polyol transporter 4 |
| Arabidopsis | AT2G20780 (AT2G20780)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816607] identity=69.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0529800- identity=63.7; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005366 (myo-inositol:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012476 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057796425.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057796425.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796425.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796425.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796425.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:872119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B122 |
Chr2:872136 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr2:872185 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr2:872332 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,C69 |
Chr2:872412 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:872447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B106,C68,C71 |
Chr2:872540 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr2:872563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr2:872593 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B127,B22,B94,C6 |
Chr2:872629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B19,B25,B5 |
Chr2:872746 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A24,B101,B108,B25,C43 |
Chr2:872767 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B114,B29,B46,C56 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796425.1PF00083
Sugar_tr 66-509 aa
PF07690
MFS_1 71-458 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796425.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 66 | 509 | 5.5e-108 | 362.5 | Sugar (and other) transporter |
XP_057796425.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 71 | 458 | 1.1e-32 | 114.1 | Major Facilitator Superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。