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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000105

染色体: Chr02 坐标: 1341105-1344253 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000105
名称SmilChr02G000105
描述mitochondrial inner membrane protein OXA1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1341105 - 1344253 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012487
GeneID131012487
locus_tag-
NCBI NameLOC131012487
原始查询LOC131012487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial inner membrane protein OXA1-like
产物mitochondrial inner membrane protein OXA1-like
ArabidopsisAT2G46470 (OXA1L)
inner membrane protein OXA1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819256]
identity=33.8; qcov=0.876; evalue=2.06e-23; confidence=low
RiceOs10g0521300
-
identity=31.5; qcov=0.511; evalue=4.19e-13; confidence=low
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0032977 (membrane insertase activity); GO:0032979 (protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix); GO:0033617 (mitochondrial respiratory chain complex IV assembly)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02096 (60KD_IMP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796442.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057796442.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057796442.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796442.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796442.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1341298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:1341475 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B56
Chr2:1341475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:1341481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:1341748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B12
Chr2:1341750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B12
Chr2:1342669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr2:1342860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,C46,C5,C60
Chr2:1342881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:1342920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B20,B6,C12,C24
Chr2:1342934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B22,B61,C25,C30
Chr2:1343006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B78,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796442.1
382 aa
N
1
191
382
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 176-363 aa
XP_057796443.1
351 aa
N
1
176
351
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 145-332 aa
XP_057796444.1
351 aa
N
1
176
351
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 145-332 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796442.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 176 363 4.3e-10 40.4 60Kd inner membrane protein
XP_057796443.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 145 332 3.5e-10 40.7 60Kd inner membrane protein
XP_057796444.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 145 332 3.5e-10 40.7 60Kd inner membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940459.1
GAAAGCTAGTAAGTTTAATTCCTAAAAAGGAAAGGAATAAAGAGGAAAAGAAAAAGGAAGAAAGTGAGTTGCTAACTTAGATCACTCATTATCAGCTTAAAAGCTAGCTTTTCCTCTACAGCTTAAAACCTGTGGAGATCCCCCTCATCGCTCAATTCCAAAACCCTAGTAAGATTTTAATTTTCAGTTTTATGTTAATAAAAGCATGTCGCCTTTTTTTGGGAGATCGTAAACCCCCCTTAAAGATACGCTTGAAAACA...
XM_057940462.1
AAAGCTAGTAAGTTTAATTCCTAAAAAGGAAAGGAATAAAGAGGAAAAGAAAAAGGAAGAAAGTGAGTTGCTAACTTAGATCACTCATTATCAGCTTAAAAGCTAGCTTTTCCTCTACAGCTTAAAACCTGTGGAGATCCCCCTCATCGCTCAATTCCAAAACCCTAGTAAGATTTTAATTTTCAGTTTTATGTTAATAAAAGCATGTCGCCTTTTTTTGGGAGATCGTAAACCCCCCTTAAAGATACGCTTGAAAACAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131012487
ATGTTAATAAAAGCATGTCGCCTTTTTTTGGGAGATCGTAAACCCCCCTTAAAGATACGCTTGAAAACATTCAATTTTGAGATCGCGGAAGTAATGGCGTATAGGCGTAGCATCATAGCTAGAACTAAGTTGTTTTATCAACAGCACCAGCGATTTGCCCCTTCTTTTTCACATATGAGTGGTAGCGATCGCGACGAATTGCCTGTTAAAAGCATTAACAAGAATACTGAGATCCGAAGCCATTTTCGGATTACCGGAAA...
LOC131012487
ATGGCGTATAGGCGTAGCATCATAGCTAGAACTAAGTTGTTTTATCAACAGCACCAGCGATTTGCCCCTTCTTTTTCACATATGAGTGGTAGCGATCGCGACGAATTGCCTGTTAAAAGCATTAACAAGAATACTGAGATCCGAAGCCATTTTCGGATTACCGGAAACATTGCCAGCAATTCCCTGCTACCAGGAAGTGTCTCTCGACTCATGCGATCTGAGTTTCGAACAGGCTATGGGCTGAATTTCCAGAGAAATAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057796442.1
MLIKACRLFLGDRKPPLKIRLKTFNFEIAEVMAYRRSIIARTKLFYQQHQRFAPSFSHMSGSDRDELPVKSINKNTEIRSHFRITGNIASNSLLPGSVSRLMRSEFRTGYGLNFQRNMSKLPSDIEGLHDAGDLYGAISAVGEKAVEVAPVVNEAAVAAADSINYLNLIEVFHCCAGLEWWASIAATTLLMRFIFVPSQIYFLQFCSKNFTAFVKQVRHLQMSDISNENNEKGKAWRKLVSSYDKLHGRGLMASVISGIW...
XP_057796443.1
MAYRRSIIARTKLFYQQHQRFAPSFSHMSGSDRDELPVKSINKNTEIRSHFRITGNIASNSLLPGSVSRLMRSEFRTGYGLNFQRNMSKLPSDIEGLHDAGDLYGAISAVGEKAVEVAPVVNEAAVAAADSINYLNLIEVFHCCAGLEWWASIAATTLLMRFIFVPSQIYFLQFCSKNFTAFVKQVRHLQMSDISNENNEKGKAWRKLVSSYDKLHGRGLMASVISGIWFYVWVSYMANNVPSFTTGGTLWFTDLTACGH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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