Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000090

染色体: Chr02 坐标: 1165382-1170075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000090
名称SmilChr02G000090
描述uncharacterized SmilChr02G000090
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1165382 - 1170075 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012496
GeneID131012496
locus_tag-
NCBI NameLOC131012496
原始查询LOC131012496

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ELMO/CED-12 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839448]; symbol=AT1G03620; hit=AT1G03620; species=arabidopsis; confidence=high
产物ELMO/CED-12 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839448]; symbol=AT1G03620; hit=AT1G03620; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G03620 (AT1G03620)
ELMO/CED-12 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839448]
identity=55; qcov=1.06; evalue=3.5e-85; confidence=high
RiceOs04g0101700
-
identity=46.9; qcov=1.08; evalue=1.21e-71; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04727 (ELMO_CED12)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012496

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057796467.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057796468.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057796466.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057796466.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057796467.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1166592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C52,C79
Chr2:1169509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:1169518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B57
Chr2:1169658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr2:1169724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B32,B78,C17,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796466.1
297 aa
N
1
148
297
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 179-267 aa
XP_057796467.1
296 aa
N
1
148
296
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 101-266 aa
XP_057796468.1
290 aa
N
1
145
290
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 172-260 aa
XP_057796469.1
289 aa
N
1
144
289
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 94-259 aa
XP_057796470.1
267 aa
N
1
134
267
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 179-264 aa
XP_057796471.1
236 aa
N
1
118
236
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 118-206 aa
XP_057796472.1
236 aa
N
1
118
236
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 118-206 aa
XP_057796474.1
236 aa
N
1
118
236
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 118-206 aa
XP_057796475.1
236 aa
N
1
118
236
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 118-206 aa
XP_057796476.1
236 aa
N
1
118
236
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 118-206 aa
XP_057796477.1
236 aa
N
1
118
236
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 118-206 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796466.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 179 267 4.4e-20 73.2 ELMO/CED-12 family
XP_057796467.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 101 266 1.4e-54 185.6 ELMO/CED-12 family
XP_057796468.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 172 260 4.1e-20 73.3 ELMO/CED-12 family
XP_057796469.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 94 259 1.3e-54 185.7 ELMO/CED-12 family
XP_057796470.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 179 264 4e-19 70.1 ELMO/CED-12 family
XP_057796471.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 118 206 2.2e-20 74.1 ELMO/CED-12 family
XP_057796472.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 118 206 2.2e-20 74.1 ELMO/CED-12 family
XP_057796474.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 118 206 2.2e-20 74.1 ELMO/CED-12 family
XP_057796475.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 118 206 2.2e-20 74.1 ELMO/CED-12 family
XP_057796476.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 118 206 2.2e-20 74.1 ELMO/CED-12 family
XP_057796477.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 118 206 2.2e-20 74.1 ELMO/CED-12 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940492.1
CAAAATTAATTTTTTCCCACACAATTCTTTCATTCTTTGCCCTTTCCTTTTCTCTCTCGTTTCCCATATTCATATATTCAGACATTCAAACATAATCGAAAAATACTAGGAATGGAGCAAATGTCATTGCAAAATGTCTCTTTCTCTAAATCTCTGTCGCCATCATCATCACCAACAACATCATCACCTTCTCCATTTTAGCAAAATTCCACCCTTCATTTCTATTTAATTGATTCCTCCAATTCAGGAAACAGGGATTC...
XM_057940493.1
CAAAATTAATTTTTTCCCACACAATTCTTTCATTCTTTGCCCTTTCCTTTTCTCTCTCGTTTCCCATATTCATATATTCAGACATTCAAACATAATCGAAAAATACTAGGAATGGAGCAAATGTCATTGCAAAATGTCTCTTTCTCTAAATCTCTGTCGCCATCATCATCACCAACAACATCATCACCTTCTCCATTTTAGCAAAATTCCACCCTTCATTTCTATTTAATTGATTCCTCCAATTCAGGAAACAGGGATTC...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC131012496
ATGAAATTAAGGCGAAGAAAATGTATACCTTCTTGTGCCTCTCACCAAGGAGTTGATGGAGATGAACTTTACTGGGACGGGAAGAAACGAGACAAAGAATCAGCATGGTCACATAATTCTGCTCACGTAATATCACAGTTAGCTCAGTGCTTTACTAATGCTATGGTTGGACCACGATCATGGGTAGGAGGATTCTTTAGCCGCGCCAACAATAGAAGATTTGGAAGCTCCCAATTTCTCGACTACAATTTGACCCCTAT...
LOC131012496
ATGAAATTAAGGCGAAGAAAATGTATACCTTCTTGTGCCTCTCACCAAGGAGTTGATGGAGATGAACTTTACTGGGACGGGAAGAAACGAGACAAAGAATCAGCATGGTCACATAATTCTGCTCACGTAATATCACAGTTAGCTCAGTGCTTTACTAATGCTATGGTTGGACCACGATCATGGGTAGGAGGATTCTTTAGCCGCGCCAACAATAGAAGATTTGGAAGCTCCCAATTTCTCGACTACAATTTGACCCCTAT...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057796466.1
MLCCLGMSSMANNPKTFGVRVICTVDGDELYWDGKKRDKESAWSHNSAHVISQLAQCFTNAMVGPRSWVGGFFSRANNRRFGSSQFLDYNLTPMQEERLQSLKQRLGVPYDETRSEHQSDSIARKLFKPCGMQPSRMLSLKVWYPSSGKIWAGREQIRRLISGAAASSHSRTCYISPELTRLLLKKAGERSEWEYPFAVAGINVSFMLIQMLDLHSEKPRCLPGFNFLTLLGEDEDAFDILYCIAFTMMDAQWLAMHASY...
XP_057796467.1
MLCCLGMSSMANNPKTFGVRVICTVDGDELYWDGKKRDKESAWSHNSAHVISQLAQCFTNAMVGPRSWVGGFFSRANNRRFGSSQFLDYNLTPMQEERLQSLKQRLGVPYDETRSEHQEALQALWDAAFPDVKLKGLVSEQWKDMGWQGANPSTDFRGCGFLSLENLLYFARTYPTTFNRLLLKKAGERSEWEYPFAVAGINVSFMLIQMLDLHSEKPRCLPGFNFLTLLGEDEDAFDILYCIAFTMMDAQWLAMHASYM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器