当前解析结果
SmilChr02G000031| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000031 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000031 |
| 描述 | protein LURP-one-related 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 387978 - 389068 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012501 |
|---|---|
| GeneID | 131012501 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012501 |
| 原始查询 | LOC131012501 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LURP-one-related 3-like |
| 产物 | protein LURP-one-related 3-like |
| Arabidopsis | AT1G53875 (AT1G53875)LURP-one-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717350] identity=39.9; qcov=1.06; evalue=6e-49; confidence=medium |
| Rice | Os07g0672600 (P0470D12.133)- identity=37.3; qcov=1.08; evalue=1.97e-42; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04525 (LOR) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012501 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057796482.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057796482.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057796482.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796482.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796482.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:388073 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B21,B68,C26,C77,D11 |
Chr2:388106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr2:388135 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr2:388137 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr2:388364 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr2:388469 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B112,B67,B88,C13 |
Chr2:388479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B127,B21,C26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796482.1PF04525
LOR 25-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796482.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 25 | 194 | 3.1e-33 | 116.4 | LURP-one-related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。