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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000128

染色体: Chr02 坐标: 1745405-1749659 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000128
名称SmilChr02G000128
描述uncharacterized SmilChr02G000128
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1745405 - 1749659 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012546
GeneID131012546
locus_tag-
NCBI NameLOC131012546
原始查询LOC131012546

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ELMO/CED-12 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839448]; symbol=AT1G03620; hit=AT1G03620; species=arabidopsis; confidence=high
产物ELMO/CED-12 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839448]; symbol=AT1G03620; hit=AT1G03620; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G03620 (AT1G03620)
ELMO/CED-12 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839448]
identity=63.9; qcov=0.936; evalue=1.34e-113; confidence=high
RiceOs04g0101700
-
identity=64.8; qcov=0.759; evalue=4.04e-101; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04727 (ELMO_CED12)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012546

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796515.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057796511.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057796512.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057796514.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057796511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1745739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C53
Chr2:1745925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B63,B75,B99,D4
Chr2:1745943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B57,C28,C54
Chr2:1746960 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B18
Chr2:1746960 AGC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B18
Chr2:1747000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:1747847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:1747859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:1748875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B68,C70,C76,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796510.1
297 aa
N
1
148
297
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 179-267 aa
XP_057796511.1
296 aa
N
1
148
296
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 101-266 aa
XP_057796512.1
290 aa
N
1
145
290
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 172-260 aa
XP_057796513.1
289 aa
N
1
144
289
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 94-259 aa
XP_057796514.1
286 aa
N
1
143
286
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 168-256 aa
XP_057796515.1
279 aa
N
1
140
279
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 161-249 aa
XP_057796516.1
267 aa
N
1
134
267
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 179-264 aa
XP_057796517.1
266 aa
N
1
133
266
ELMO_CED12
C
PF04727 ELMO_CED12 101-263 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796510.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 179 267 4.4e-20 73.2 ELMO/CED-12 family
XP_057796511.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 101 266 1.4e-54 185.6 ELMO/CED-12 family
XP_057796512.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 172 260 4.1e-20 73.3 ELMO/CED-12 family
XP_057796513.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 94 259 1.3e-54 185.7 ELMO/CED-12 family
XP_057796514.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 168 256 3.8e-20 73.4 ELMO/CED-12 family
XP_057796515.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 161 249 3.6e-20 73.5 ELMO/CED-12 family
XP_057796516.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 179 264 4e-19 70.1 ELMO/CED-12 family
XP_057796517.1 Pfam PF04727 ELMO_CED12 Family 101 263 1.2e-53 182.4 ELMO/CED-12 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940532.1
TTCTTTTTGTCATGCAAAGATGGTAACATAATGTGCATGCCTTTCTCTTTCCTTTTTTGAGAGCTTTTATGTTTCATAGAATACATCTCAATGGATGGAATGAAACCCATCATTTGATTTTTCATAATACAGTGAACCCACTAAAAAGTTTCCTTTGATTGCGCAATTAATCTTCCCTGTTCATGTAAAAGCCCCAAAAAAATTCAATCTTTTTTCCTTTTTTTAACCTTTTAGGGTTCCTAATTCCTATAGTTCTTGTG...
XM_057940529.1
TTTGTCATGCAAAGATGGTAACATAATGTGCATGCCTTTCTCTTTCCTTTTTTGAGAGCTTTTATGTTTCATAGAATACATCTCAATGGATGGAATGAAACCCATCATTTGATTTTTCATAATACAGTGAACCCACTAAAAAGTTTCCTTTGATTGCGCAATTAATCTTCCCTGTTCATGTAAAAGCCCCAAAAAAATTCAATCTTTTTTCCTTTTTTTAACCTTTTAGGGTTCCTAATTCCTATAGTTCTTGTGGCTGG...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131012546
ATGAAATTAAGGCGAAGAAAATGTATACCTTCTTGTGCCTCTCACCAAGGAGTTGATGGAGATGAACTTTACTGGGACGGGAAGAAACGAGACAAAGAATCAGCATGGTCACATAATTCTGCTCACGTAATATCACAGTTAGCTCAGTGCTTTAGAGGATTCTTTAGCCGCGCCAACAATAGAAGATTTGGAAGCTCCCAATTTCTCGACTACAATTTGACCCCTATGCAGGAAGAAAGACTGCAAAGCCTTAAACAACG...
LOC131012546
ATGAAATTAAGGCGAAGAAAATGTATACCTTCTTGTGCCTCTCACCAAGGAGTTGATGGAGATGAACTTTACTGGGACGGGAAGAAACGAGACAAAGAATCAGCATGGTCACATAATTCTGCTCACGTAATATCACAGTTAGCTCAGTGCTTTACTAATGCTATGGTTGGACCACGATCATGGGTAGGAGGATTCTTTAGCCGCGCCAACAATAGAAGATTTGGAAGCTCCCAATTTCTCGACTACAATTTGACCCCTAT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057796510.1
MLCCLGMSSMANNPKTFGVRVICTVDGDELYWDGKKRDKESAWSHNSAHVISQLAQCFTNAMVGPRSWVGGFFSRANNRRFGSSQFLDYNLTPMQEERLQSLKQRLGVPYDETRSEHQSDSIARKLFKPCGMQPSRMLSLKVWYPSSGKIWAGREQIRRLISGAAASSHSRTCYISPELTRLLLKKAGERSEWEYPFAVAGINVSFMLIQMLDLHSEKPRCLPGFNFLTLLGEDEDAFDILYCIAFTMMDAQWLAMHASY...
XP_057796511.1
MLCCLGMSSMANNPKTFGVRVICTVDGDELYWDGKKRDKESAWSHNSAHVISQLAQCFTNAMVGPRSWVGGFFSRANNRRFGSSQFLDYNLTPMQEERLQSLKQRLGVPYDETRSEHQEALQALWDAAFPDVKLKGLVSEQWKDMGWQGANPSTDFRGCGFLSLENLLYFARTYPTTFNRLLLKKAGERSEWEYPFAVAGINVSFMLIQMLDLHSEKPRCLPGFNFLTLLGEDEDAFDILYCIAFTMMDAQWLAMHASYM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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