Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000181`

染色体: Chr02 坐标: 2303750-2310998 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000181`
名称	SmilChr02G000181
描述	diacylglycerol kinase 5-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	2303750 - 2310998 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012590`
GeneID	`131012590`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012590`
原始查询	`LOC131012590`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	diacylglycerol kinase 5-like
产物	diacylglycerol kinase 5-like
Arabidopsis	`AT2G20900` (DGK5) diacylglycerol kinase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816624] identity=68; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0634700` (OsBIDK1) - identity=66.8; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004143 (ATP-dependent diacylglycerol kinase activity); GO:0007205 (GO:0007205)
KEGG	smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00609 (DAGK_acc); PF00781 (DAGK_cat)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012590

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057796556.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057796556.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057796556.1`
4	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057796556.1`
5	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057796556.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:2303779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr2:2303822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C60
`Chr2:2303915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,A8,B17,B30
`Chr2:2303927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:2304278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B81,B9
`Chr2:2304451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,D8
`Chr2:2304469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B135,B44,C16,C39
`Chr2:2304636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B135,B44,C16,C39
`Chr2:2304805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr2:2304820`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:2306563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:2309089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796556.1

497 aa

248

497

DAGK_cat

DAGK_acc

PF00781 DAGK_cat 41-166 aa PF00609 DAGK_acc 234-408 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796556.1`	Pfam	`PF00781`	DAGK_cat	Family	41	166	1.1e-20	74.3	Diacylglycerol kinase catalytic domain
`XP_057796556.1`	Pfam	`PF00609`	DAGK_acc	Family	234	408	3.4e-37	129.0	Diacylglycerol kinase accessory domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940573.1
TGGCAATATTTCCTAGAGTAGAACTCAATCGTCATTGCACAAACAATCTACGAGAAATCGAACAATCATTAATTTGGAAAATTTCTTGATTTGATGTCGAGCACGATCCTGGTTTTTATTAAACAGATTCGTCATCGCCTGCTGCAAAATTTCCAATGGAGGTAGGATTGGTATTCCCAAACGAACTTGAGGACTTTATCGCAAAATTCTACATCCCTTCGTACATCCTCGTTCCAGATGGGAGGGCGGAGCGCTTGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012590
ATGGAGGTAGGATTGGTATTCCCAAACGAACTTGAGGACTTTATCGCAAAATTCTACATCCCTTCGTACATCCTCGTTCCAGATGGGAGGGCGGAGCGCTTGCTCGATGTGCCGGAAAGCCCAGTTTTAGTATTCATCAACTCCAAGAGTGGTGGTCAATTAGGTGCTCAACTTCTCGACACATATCGCTCTTTACTCAATAAAAAACAGGTTTTTGAATTGGGAGAAGAAGCTCCTGATAAAGTGTTGCATAGGATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796556.1
MEVGLVFPNELEDFIAKFYIPSYILVPDGRAERLLDVPESPVLVFINSKSGGQLGAQLLDTYRSLLNKKQVFELGEEAPDKVLHRIFLNLERLKQNGDQFAPKLEKKLRVIVAGGDGTAAWLFGVISDLKLSQPPPIATVPLGTGNNLPFAFGWGKKNPETDRDSVIAFLDQVRKAREMVMDSWHITLRMKTRQEHEYEPIAPLELPHSLHAIKRVLPTDDLNLEGYDTFQGGFWNYFSMGMDAQVSYAFHSERKLNPEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器